オートファジーデータベース
オートファジーデータベース (Autophagy Database)は、文部科学省 ターゲットタンパク研究プログラム(TPRP)により提供されているオートファジー関連タンパク質のデータベースである。
概要 編集
オートファジーに関連する遺伝子、タンパク質の情報およびホモログ情報を提供している。[1]オートファジーに関わる遺伝子、タンパク質を網羅的に収集し、真核生物種におけるオルソログ、ホモログを同定し、機能、配列、立体構造情報を加えて公開している。
データベースでは、キーワード検索やBLASTによるアミノ酸配列に対する相同性検索を行うことが可能である。また、特定のタンパク質、遺伝子が他の種のどのタンパク質、遺伝子に対応するのかを簡単に調べることができる。立体構造の決定したオートファジータンパク質のリストや、DICHOT[2]によるタンパク質の立体構造、天然変性領域予想も得られる。また、独自解析の結果や、オートファジー関連の最新論文を表示し、利用者が評価する機能も提供している。
2017年1月時点において52021タンパク質を収録している。
関連項目 編集
外部リンク 編集
参考文献 編集
- ^ Homma, Keiichi; Suzuki Koji, Sugawara Hideaki (Jan 2011). “The Autophagy Database: an all-inclusive information resource on autophagy that provides nourishment for research” (英語). Nucleic Acids Res. (England) 39 (Database issue): D986-90. doi:10.1093/nar/gkq995. PMID 20972215.
- ^ Fukuchi, Satoshi; Homma Keiichi, Minezaki Yoshiaki, Gojobori, Takashi, Nishikawa Ken (Jan 2009). “Development of an accurate classification system of proteins into structured and unstructured regions that uncovers novel structural domains: its application to human transcription factorsrch” (英語). BMC Struct Biol. (England: BioMed Central) 9: 26. doi:10.1186/1472-6807-9-26. PMID 19402914.