分子力学モデリング用ソフトの比較

本項では主に分子力学法または分子動力学法の計算に用いられるプログラムの一覧を示す。

GPU – GPUが利用可能
I – インターフェースのみ
Imp – 水の陰溶媒
MC – モンテカルロ法
MD – 分子動力学
Min – 構造最適化
QM – 量子力学的手法
REM – レプリカ交換法

名称	3D表示	モデル構築	Min	MD	MC	REM	QM	Imp	GPU	ライセンス
Abalone（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	I	Yes	Yes	プロプライエタリ無償
Acellera Ltd ACEMD^[1]	No	No	Yes	Yes	No	Yes	No	No	Yes	プロプライエタリ無償版と商用版がある
ADF	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	Yes	Yes	Yes	プロプライエタリ無償試用版あり
ADUN^[2]	No	No	Yes	Yes	No	No	Yes	Yes	Yes	フリー GNU GPL
AMBER^[3]	No	Yes	Yes	Yes	No	Yes	I	Yes	Yes	プロプライエタリ
Ascalaph Designer（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	I	Yes	Yes	GNU GPLと商用の混合ライセンス
ATB	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	No	No	プロプライエタリ商用教育研究用は無償
Avogadro	Yes	Yes	Yes	No	No	No	I	No	No	フリー GNU GPL
BOSS（英語版）	No	No	Yes	No	Yes	No	Yes	No	No	プロプライエタリ
CHARMM	No	Yes	Yes	Yes	Yes	I	I	Yes	Yes	プロプライエタリ, 商用
CHEMKIN（英語版）	No	No	No	No	No	No	No	No	No	プロプライエタリ
COSMOS	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	I	No	No	プロプライエタリ、商用 (GUIのない無償版あり)
CP2K	No	No	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	Yes	フリー GNU GPLv2 or later
Culgi	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	I	No	No	プロプライエタリ
Desmond（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	No	Yes	プロプライエタリ無償版と商用版がある
Discovery Studio（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	No	プロプライエタリ試用版あり
ENCAD	No	No	No	Yes	No	No	No	No	No	フリーオープンソース
fold.it	I	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	I	No	No	プロプライエタリ無償版と商用版がある
FoldX（英語版）	I	Yes	Yes	No	No	No	No	No	No	プロプライエタリ無償版と商用版がある
GPIUTMD	I	I	Yes	Yes	No	I	No	No	Yes	プロプライエタリ
GROMACS	No	No	No	Yes	No	Yes	I	Yes^[4]	Yes	フリー GNU GPL
GROMOS	No	No	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	プロプライエタリ商用
GULP	No	No	Yes	Yes	No	No	No	No	No	プロプライエタリ教育研究用は無償
HOOMD-blue	No	No	Yes	Yes	Yes	No	No	No	Yes	フリーオープンソース
HyperChem	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	No	プロプライエタリ商用　フル機能評価版あり
ICM	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	I	Yes	No	プロプライエタリ
LAMMPS	No	No	Yes	Yes	Yes	Yes	I	No	Yes	フリー GNU GPLv2
MacroModel（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	I	Yes	No	プロプライエタリ
MAPS	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	プロプライエタリ試用版あり
Materials Studio（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	Yes	Yes	プロプライエタリ試用版あり
MedeA	Yes	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	No	プロプライエタリ試用版あり
MCCCS Towhee	No	No	No	No	Yes	No	No	No	No	フリー GNU GPL
MDynaMix（英語版）	No	No	No	Yes	No	No	No	No	No	フリー GNU GPL
MOE（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	I	Yes	No	プロプライエタリ
MOIL	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	No	フリーオープンソース
Orac（英語版）	No	No	Yes	Yes	No	Yes	No	Yes	No	フリーオープンソース
NAB^[5]	No	Yes	No	No	No	No	No	No	No	フリーオープンソース
NAMD + VMD	Yes	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	Yes	Yes	プロプライエタリ教育研究用は無償
NWChem（英語版）	No	No	Yes	Yes	No	No	Yes	No	No	フリー EDL v2.0
Packmol	No	Yes	No	No	No	No	No	No	No	フリー GNU GPL
Prime	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	I	Yes	No	プロプライエタリ
Protein Local Optimization Program（英語版）	No	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	プロプライエタリ
Q（英語版）	No	No	No	Yes	No	No	No	No	No	不明
RedMD^[6]	I	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	フリー GNU GPL
SAMSON（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	Yes	No	No	プロプライエタリ無償
StruMM3D (STR3DI32)	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	No	プロプライエタリ無償版あり(200原子まで)
Scigress	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	Yes	Yes	No	プロプライエタリ
Spartan（英語版）	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	Yes	Yes	No	プロプライエタリ無償試用版あり
TeraChem（英語版）	No	No	Yes	Yes	No	No	Yes	No	Yes	プロプライエタリ試用版あり
TINKER（英語版）	I	Yes	Yes	Yes	Yes	No	I	Yes	No	プロプライエタリ無償
Tremolo-X（英語版）	I	No	Yes	Yes	No	No	No	No	No	プロプライエタリ
UCSF Chimera（英語版）	Yes	Yes	Yes	No	No	No	No	No	No	プロプライエタリ教育研究用は無償
VEGA ZZ	Yes	Yes	Yes	I	Yes	No	No	Yes	Yes	プロプライエタリ教育研究用は無償
VLifeMDS	Yes	Yes	Yes	No	Yes	No	I	No	Yes	プロプライエタリ
WHAT IF	Yes	Yes	I	I	I	No	No	No	No	プロプライエタリ
YASARA（英語版）	Yes	Yes	Yes	Yes	No	No	Yes	No	Yes	プロプライエタリ

出典編集

^ M. J. Harvey, G. Giupponi and G. De Fabritiis (2009). “ACEMD: Accelerating Biomolecular Dynamics in the Microsecond Time Scale”. Journal of Chemical Theory and Computation 5 (6): 1632–1639. doi:10.1021/ct9000685.
^ Johnston, MA, Fernández-Galván, I, Villà-Freixa, J (2005). “Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: the Adun simulator”. J. Comp. Chem. 26 (15): 1647–1659. doi:10.1002/jcc.20312. PMID 16175583.
^ “A second generation force field for the simulation of proteins, nucleic acids, and organic molecules”. J. Am. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. (1995). doi:10.1021/ja00124a002.
^ Implicit Solvent - Gromacs Archived July 29, 2014, at the Wayback Machine.
^ “Modeling unusual nucleic acid structures”. Molecular Modeling of Nucleic Acids: 379–393. (1998).
^ A. Górecki; M. Szypowski; M. Długosz; J. Trylska (2009). “RedMD - Reduced molecular dynamics package”. J. Comp. Chem. 30 (14): 2364–2373. doi:10.1002/jcc.21223. PMID 19247989.

外部リンク編集

[1] M. J. Harvey, G. Giupponi and G. De Fabritiis (2009). “ACEMD: Accelerating Biomolecular Dynamics in the Microsecond Time Scale”. Journal of Chemical Theory and Computation 5 (6): 1632–1639. doi:10.1021/ct9000685.

[2] Johnston, MA, Fernández-Galván, I, Villà-Freixa, J (2005). “Framework-based design of a new all-purpose molecular simulation application: the Adun simulator”. J. Comp. Chem. 26 (15): 1647–1659. doi:10.1002/jcc.20312. PMID 16175583.

[3] “A second generation force field for the simulation of proteins, nucleic acids, and organic molecules”. J. Am. Chem. Soc. 117 (19): 5179–5197. (1995). doi:10.1021/ja00124a002.

[4] Implicit Solvent - Gromacs Archived July 29, 2014, at the Wayback Machine.

[5] “Modeling unusual nucleic acid structures”. Molecular Modeling of Nucleic Acids: 379–393. (1998).

[6] A. Górecki; M. Szypowski; M. Długosz; J. Trylska (2009). “RedMD - Reduced molecular dynamics package”. J. Comp. Chem. 30 (14): 2364–2373. doi:10.1002/jcc.21223. PMID 19247989.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

分子力学モデリング用ソフトの比較

出典 編集

関連項目 編集

外部リンク 編集

出典編集

関連項目編集

外部リンク編集