基礎科学特別研究員（きそかがくとくべつけんきゅういん）は、理化学研究所の博士研究員制度。博士号取得後数年以内の若手研究者が、理化学研究所で独立して研究できる場が提供される。数年の更新が可能な任期制。 発足当時年齢のわりに高額な給与とフレキシブルな研究スタイルで話題となった。