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色素の重要な機能として、観察者に対して[[色覚]]上の識別を与えるという点にある。しかし、生物学的な見地から見ると、色素の持つ色彩以外の機能の方が重要な場合も多い。代表的な例としてヘム鉄が挙げられる。ヘムの中心金属が[[鉄]]である[[ヘモグロビン]]と[[ミオグロビン]]、あるいは金属が[[銅]]である[[ヘモシアニン]]とが存在する。前者2者は赤色で、後者は淡青色であるが、いずれも生体内では[[酸素]]の運搬に関与する重要な色素であり、色とその能力に直接的な関係は無い。[[チトクローム]]等ほかにも生体内では種々の色素が存在するが、このように、生体内で重要な機能を担っているが、たまたま色彩を持っている為に色素と呼ばれるものも多い。
 
一方、色彩を持つことが重要である色素の代表が[[葉緑素]](クロロフィル)である。葉緑素は太陽光の中から赤から近赤外の光エネルギーを効率よく吸収する為の色素である。その上、光エネルギーの収集効率を上げるためにわずかに極大吸収換えた複数の色素が配置され、中心の色素分子に光エネルギーが集中するようになっている('''アンテナ色素'''に詳しい)。また[[紫外線]]による[[DNA損傷]]を防止する[[メラニン]]の機能も色が生物学的機能を持つ例である。また、捕食させることが繁殖に有利に働くことを考えれば、[[花弁]][[果実]]の色も能動的な機能では無いものの、[[自然淘汰]]により増強された色素のもつ生物の1つの機能とも言える。
 
人間活動における色素の位置づけを考える時、人間の印象に与える色彩の影響力には強いものがある。それ故、種々の顔料あるいは染料が、市場で取引される商品に特徴を与えるものとして求められてきた。[[19世紀]]に[[有機化学]]が最初に実用化された分野の一つが染色の化学であった。同世紀に[[軽工業]]が産業化するとともに多くの色素が求められ、有機化学の発展とともに多くの色素が発見・開発された。また、色素による染色法を応用することで多くの[[細胞小器官]]が発見され[[細胞生物学]]の発展に色素が寄与した。そして、生物学と同様に[[生理学]]や[[医学]]の発展にも色素と染色とが応用され、医療技術の発展にも大きく寄与している。例えば、色素が持つ染色の選択性から、[[パウル・エールリヒ|エールリッヒ]]は「魔法の弾丸」という着想を得、それが[[化学療法剤]]の礎となった。