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日本では、[[河川法]]において重要性が高い水系を[[国土交通省]]政令で区分及び指定している。[[導水]]や[[用水]]、[[疎水]]などの人工河川による新たに追加された流れや、排水機場による流水方向の変化などの物理的な川上・川下とは関係が無い流れも考慮されているため分水界で分けられていないのが特徴である。
 
* [[一級水系]]:日本国内最重要で、属する'''一級河川'''を国が管理する水系。一部は都道府県や政令市に管理を移譲している。
* [[二級水系]]:上記以外の水系のうち重要性が高く、属する'''二級河川'''を[[都道府県]]が管理する水系。
* [[単独水系]]:上記2つ以外の水系。