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'''MDGRAPE-3'''とは、[[理化学研究所|理研]]の分子動力学シミュレーション専用の超高速計算機（[[スーパーコンピュータ]]）である。[[理化学研究所|理研]]と[[インテル]]、[[日本SGI]]が共同開発した。[[分子動力学]][[シミュレーション]]を飛躍的に加速する。
MDGRAPE-3チップは、1チップで165GFlopsの計算速度を実現する。MDGRAPE-3を用いることで、[[たんぱく質]]や新規材料等の分子動力学シミュレーションの他に、X線結晶解析での構造因子計算、渦法やSPH法による[[数値流体力学|流体計算]]、[[電磁場解析|電磁気計算]]、[[境界要素法]]などの計算を加速できる。
MDGRAPE-3は、[[IBM]]の[[Roadrunner]]に先駆けて、世界で初めて毎秒1000兆回の演算(1PetaFLOPS)を達成したスパコンである。スーパーコンピューターの演算性能をはかる標準ベンチマークソフトである[[LINPACK]]を動作させられないため、スーパーコンピューターの世界ランキング[[TOP500]]には名を連ねていないものの、理論性能では、IBMの[[Blue_Gene#Blue_Gene.2FL|Blue Gene/L]]の3倍の演算性能を保有している[http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20070313/264827/?ST=ep_infrastructure]。
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