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'''偽遺伝子'''('''ぎいでんし'''、[[英]]:Pseudogene)は、[[デオキシリボ核酸|DNA]]の配列のうち、かつては[[遺伝子]]産物(特に[[タンパク質]])をコードしていたと思われるが、現在はその機能を失っているものをいう。偽遺伝子はもとの機能を有する配列に[[突然変異]]が生じた結果生まれたと考えられている。具体的にはある位置で[[ストップコドン]]が生じてタンパク質のペプチド鎖が短くなってしまいタンパク質として機能を果たせなくなる場合、あるいは正常な[[転写]]に必要な調節配列が機能を失う場合などがある。元の正常な遺伝子が別に残っている場合が多いが、単独でそのまま偽遺伝子になったものもある。
 
偽遺伝子は構造から3つのタイプに分けることができる。
*まず、正常な遺伝子から[[イントロン]]配列が取り除かれて末端にポリA配列が付いた、[[mRNA]]のような構造をとるタイプがある。これは'''プロセス型'''偽遺伝子と呼ばれ、mRNAから[[レトロポゾン]]の[[逆転写酵素]]によって作られたDNA配列が[[ゲノム]]内に挿入されてできたと考えられる。
*つぎに'''重複'''偽遺伝子または'''非プロセス型'''偽遺伝子と呼ばれるタイプがある。これはゲノム内でもとの遺伝子配列が重複し、その一部のコピーが[[突然変異]]の蓄積によって機能を失ったものである。この場合、まだ正常な遺伝子のコピーが残っているから、生物は直ちに影響を受けることはない。
*3番目のタイプはゲノム内の単独の遺伝子がそのまま突然変異により機能を失ったものである。これはその遺伝子の産物が(環境の変化などによって)生物の生存に必要なくなったことを意味する。この例としては[[ヒト]]など[[霊長目]]におけるGULO(LGULO([[L-グロノ-γ-ラクトンオキシダーゼ]]、[[ビタミンC]]合成に関与する[[酵素]])遺伝子がある。
 
偽遺伝子のために[[分子生物学]]的研究に問題がおきることがある。たとえば[[ポリメラーゼ連鎖反応|PCR]]によってある遺伝子を増幅したい場合に、同時に類似配列の偽遺伝子が増幅されてしまうことがある。同様にゲノム配列中の偽遺伝子が遺伝子として誤認されることもある。