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[[1987年]]に、[[海洋生物学]]者の[[ダニエル・パウリー]]（[[w:Daniel Pauly|英語記事]]）が、[[国際水産資源管理センター]]（[[w:ICLARM|ICLARM]]）のソフトウェアプロジェクトの一環として、魚類種に関する普遍的なデータベースを作成することを提案した。パウリーは、魚類の[[幼生]]から種を同定する[[エキスパートシステム]]を開発していたライナー・フローゼと協力して活動を始め、[[DOS]]に対応した[[関係データベース]]の一種である[[DataEase]]を基にシステムを構築した。[[1989年]]には、このプロジェクトに助成金が支給された。
[[1993年]]に、プロジェクトの開発ベースを[[Microsoft Access]]に移行し、1995年には最初のデータベースとなる {{lang|en|'''FishBase 100'''}} を、[[CD-ROM]]でリリースした。その後も1年おきにCDがリリースされ、2004年版のFishBaseでは、その容量はCD5枚分（DVDなら1枚分）に達していた。データベースを利用出来る環境は[[Windows 98|{{lang|en|Windows}} 98]]以降のマシンに限られ、{{lang|en|[[Mac OS X]]}}や{{lang|en|[[Linux]]}}といった他の[[プラットフォーム (コンピューティング)|プラットフォーム]]では利用できなかった。
FishBaseは[[1996年]]に初めて[[ワールドワイドウェブ]]に登場した。[[1999年]]には、魚類の幼生や飼育に関する詳細な情報などを収集したデータベース ({{lang|en|[[LarvalBase]]}}) も登場し、最終的には、CDに収録されていた全データがオンラインで入手可能になった。
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