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その外見から、古くは[[ユムシ類]]や[[ホシムシ類]]との類縁が考えられたが、体腔が真体腔でないことから前者との類縁は否定され、後者とは消化管がU字状でないこと、[[触手]]がないことなどで区別される。後に[[脱皮動物]]に含めるべきであることが指摘された。
 
分類学的に最も近縁な門はおそらく[[動吻動物]] {{Sname||Kinorhyncha}} と[[胴甲動物]] {{Sname||Loricifera}} で、これらの3門をまとめて[[有棘動物門]]門([[ {{Sname||Scalidphora]])}} とする説もある。[[節足動物]]、[[有爪動物]]、[[線形動物]]、[[類線形動物]]と共に、脱皮動物の中で肉眼で見えるサイズの種を含む門である。
 
鰓曳動物門には現生の2目3科7属18種が含まれる。近年では小型の[[間隙性]]の種も知られるようになった。18種のうち、2種 ''Priapulus caudatus'' [[エラヒキムシ]] および ''P. bicaudatus'' [[フタツエラヒキムシ]]が日本から報告されている。エラヒキムシはヨーロッパでも比較的普通に見られる種である。
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