「遺伝子オントロジー」の版間の差分

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'''遺伝子オントロジー'''(いでんしオントロジー、''Gene Ontology'';{{lang-en-short|gene ontology}}、''GO'')とは、[[生物学]]的概念を記述するための、共通の語彙を策定しようとするプロジェクトである。
 
1990年代後半から、生物学における実験手法の革新([[DNAシーケンサー]]や[[DNAマイクロアレイ]]など)や、[[バイオインフォマティクス]]的手法の発達により、様々な[[種 (分類学)|種]]の遺伝子関連情報が[[データベース]]化されている。これらに蓄積された情報を有効に活用するためには、統一された語彙を用いて、機能情報などを記述する必要がある。統一された語彙を用いることで、異なった機関によって作成されたデータベース、更に異なった生物種のデータベース間で、データの結合や、横断比較を行うことが可能になる。データベースは無料で公開されている。
== 実際のデータ ==
[[画像:Amigo.png|thumb|250px|図1:[http://www.godatabase.org/cgi-bin/amigo/go.cgi AmiGO]によるトップレベルGO Tremのグラフ化。]]
GOで定義された用語は、{{lang|en|GO Termterm}} と呼ばれる。Go{{lang|en|GO term}} Termは三つのカテゴリーに分かれる。
* {{lang|en|biological process }}(生物学的プロセス)
* {{lang|en|cellular component }}(細胞の構成要素)
* {{lang|en|molecular function }}(分子機能)
 
計算機上でGOのデータは、非循環有向グラフ (Directed{{lang-en-short|directed Acyclic Graph:acyclic graph}}、DAG) と呼ばれる[[データ構造]]を用いて記述することができる。DAGの性質上、非常に[[Extensible Markup Language|XML]]との親和性が高いため、[[アノテーション]]と共に[[Resource Description Framework|XML-RDF]]フォーマットでも提供されている。
 
==外部リンク==
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