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高規格堤防の裏法面上は高規格堤防特別区域とされ、大規模な地面の掘削等に許可が必要となるものの、通常の土地とほぼ同様に建築や耕作に利用することができ、堤防上に街並が作られる。たとえば堤防高10mの高規格堤防では裏法面の幅は30倍の約300mを必要とする規格であるが、この部分の用地買収は行わず、一時移転や再建築の費用を国が負担した上で所有者に土地が返還されることとなる。この際に街区整理も併せて行われることがある。
 
高規格堤防事業は100年から200年に一度の大洪水を安全に流すことを想定しているが、建設には'''約400年の膨大な時間と12兆数千億円の費用が必要'''とされ<ref>{{Cite web|date=2011-11-02|url=http://www.gikai.city.edogawa.tokyo.jp/voices/GikaiDoc/attach/Se/Se291_62tinnzyou.pdf|title=スーパー堤防に代わる「地中連続壁工法」での堤防強化を求める陳情(建設委員会付託)|format=PDF|publisher=[[江戸川区]]議会|accessdate=2012-01-24}}</ref>、また堤防全体を高規格化するまではその治水効果を十分には発揮できない。利根川では全体の高規格化まで約1000年かかるという試算もあり、治水対策に名を借りた[[再開発]]事業だとの指摘もある。
 
[[東北地方太平洋沖地震|2011年東北地方太平洋沖地震]]発生時に、スーパー堤防を津波対策の堤防かのように扱うメディアが見られたが、上述の通りスーパー堤防の優位性は河川の氾濫時の土壌安定化にあり、津波対策としては極めて破堤しにくい事以外は一般的堤防以上の優位性はないとの指摘もある。