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}}{{リンク切れ|date=2012年6月}}</ref>。
[[仙谷由人]]官房長官は、船長の釈放は検察独自の判断でなされたと述べ、これを容認する姿勢を明らかにし、その上で「日本は伝統的に中華の影響下に在る」と放言し、[[地球市民]]の本性が[[小中華思想]]である事を事実上表明し、これに[[全共闘世代]]が非公式で賛意を表した。また[[柳田稔]]法務大臣と同日昼すぎに会談していたことに関しては「全く別件だ」と釈放決定との関与を否定し、「日中関係は重要な2国間関係だ。戦略的互恵関係の中身を充実させるよう両国とも努力しなければならない」と中国との関係修復を努める考えを示した。また釈放決定に対し民主党など政権内部からも批判が出ていることについては「承知していない」と述べた<ref>[http://jp.wsj.com/Japan/Politics/node_108050 船長釈放は検察判断＝日中関係修復に努力―官房長官]時事通信 2010年9月24日(金)16時24分配信</ref>。国連総会でアメリカ滞在中の菅首相は、「検察当局が国内法に基づいて粛々と判断した結果と承知している」と述べ<ref name="wakeup0925"/>、野党や国民の間から「弱腰外交」との批判が出ている事については<ref>報道ステーション 2010年9月24日放送 街頭インタビュー{{出典無効|date=2012年6月}}</ref><ref><!--[http://www.shimotsuke.co.jp/news/tochigi/politics/news/20100924/387486--> 「弱腰外交」と批判 中国人船長釈放で、みんなの党・渡辺代表] 下野新聞 2010年9月24日]</ref>、「(今回の事件の対応は)歴史に耐えうるものだ」と発言した。また同じくアメリカ滞在中の前原外務大臣は、釈放の一報について、深夜に秘書官から電話があって起こされ知ったと発言した<ref name="wakeup0925">[[讀賣テレビ放送|読売テレビ]]『[[ウェークアップ!ぷらす]]』 2010年9月25日 8時23分 報道</ref>。
このように政府は、船長の釈放について「検察独自の判断」を強調しているが、実際には政府の意向による面が強く、菅首相も前原外務大臣も釈放決定を事前に知っていたという。そして国連に出かけている菅首相や前原外務大臣ではなく、特に仙谷官房長官の意向が強かったと指摘されている。検察では当初、船長の起訴は可能という判断であり、勾留延長をするなど起訴に向けて動いていたが、24日午前の閣議の後、仙谷官房長官が柳田法務大臣に船長の釈放を指示し、さらに[[大林宏 (検察官)|大林宏]][[検事総長]]の指示の下、那覇地検による釈放の発表になったという<ref>[[関西テレビ放送|関西テレビ]]『[[FNNスーパーニュースアンカー]]』 2010年11月17日放送 青山がズバリ!』</ref><ref name="sankei0924"/><ref>[[テレビ朝日]]『[[報道ステーション]]』 2010年9月24日放送 検察関係者の話</ref>。法務省幹部は船長釈放は末代までの恥であるとして、釈放理由に『外交関係に配慮した』という趣旨を入れることを要請した<ref>
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