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査読制度とは、著者にはその名前を伏せておく'''査読者'''('''レフェリー''')によって論文の内容について審査を行い、掲載(アクセプト)、修正後に掲載、再査読、掲載拒否(リジェクト)などの判定を行うものである。何度かの修正を経て学術雑誌に掲載される場合は、初版の投稿から掲載まで数か月から数年を要することが多い。
 
査読制度は投稿された論文の中から一定水準のものを抽出するに当たっては有効であるが、論文の優劣に絶対的な基準は無いため、一定水準の論文が選定された後は査読者と論文の相性によって採択の可否が左右される場合もある。したがって、ひとつの論文がある雑誌に掲載拒否されても、別の学術雑誌では掲載されるという場合もある。このため、{{要出典範囲|date=2012年10月|稀に同一論文を同時に複数雑誌に投稿することが起こるが、[[道徳|モラル]]に反する行為であるから、ぜったいにしてはいけない。判明すれば有形無形に相応の[[ペナルティ]]が課され、学者生命ること絶えある。<ref>{{Cite web|url=http://www.jacsurg.gr.jp/journal/nijyutoko.html|title=二重投稿についしまう|work=日本呼吸器外科学会|accessdate=2013-09-28}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://www.aesj.or.jp/publication/080725notice_copyright_etc.html|title=論文投稿の際の著作権および二重投稿についての注意点|work=日本原子力学会|accessdate=2013-09-28}}</ref>
もちろん、一度掲載拒否された論文を別の学術雑誌に投稿することはモラル違反ではない。
 
査読者に指名される者は、当該論文の分野における[[専門家]]であるのが普通である。論文の執筆者とは、学会においてライバル関係にあることもしばしばであり、査読にあたって故意にライバルの論文掲載を妨害したり、故意に掲載拒否の判定をして時間を稼ぎ、その間に査読した論文から得られた知識をもとに自分の論文として先に発表してしまうという行為が発生することもある。これらは査読制度の[[ルール]]がしっかり整備された学会においては、厳しく処罰されることになっている。そうしたルールが整備された論文誌に掲載された論文は高い評価を得られる。また、[[エヴァリスト・ガロア]]のように、従来の学問にまったく無かったような画期的な新発見に対して、査読者がその真価を理解できずに掲載が拒否され、後にその価値が判明する場合も稀にある。