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化石証拠の豊富な生物については、化石を年代順に並べることで、特定の[[系統]]の進化を復元することもできる。[[プランクトン]]は死骸が古いものから順に連続的に[[堆積]]していくので、このような研究が容易であり、[[有孔虫]]や[[放散虫]]、[[珪藻]]の形態が徐々に進化し、時には[[種分化]]する過程が確認できる<ref>Ridley(2004) p.64</ref><ref name=coyne72>コイン(2010) pp.72-78</ref>。プランクトン以外にも、[[三葉虫]]の尾節の数の進化を示す一連の化石などがある<ref name=coyne72/>。
 
;====ミッシング・リンク====
[[Image:Tiktaalik roseae life restor.jpg|thumb|right|250px|魚類と両生類の特徴を併せ持つティクターリクの復元画]]
進化を否定する[[創造論]]者は、[[分類群]]間の中間的な特徴を示す化石が得られないことを指して「ミッシング・リンク」と呼んでいる。しかし、分類群間の移行段階と考えられる化石はすでに一部得られている<ref name=coyne78>コイン(2010) pp.78-81</ref><ref>ドーキンス(2009) Ch.6</ref>。分類群の起源となった種そのものを見つけるのは確かに困難だが、それに近縁な種の化石があれば、進化過程を解明するのに充分である<ref name=coyne78/>。たとえば[[爬虫類]]と[[鳥類]]の特徴を併せ持つ化石には有名な[[始祖鳥]]に加えて、多数の[[羽毛恐竜]]がある<ref>コイン(2010) pp.87-98</ref><ref>Chiappe(2009)</ref>。[[クジラ]]の進化過程は、時折水に入る陸生[[哺乳類]]であった[[インドヒウス]]に始まり、徐々に水中生活に適応していく一連の化石から明らかになっている<ref>コイン(2010) pp.98-105</ref><ref>Thewissen et al.(2009)</ref>。現在の[[魚類]]と[[両生類]]をつなぐ移行化石としては[[エウステノプテロン]]、[[パンデリクチス]]、[[アカンソステガ]]、[[イクチオステガ]]などが知られていたが、さらにパンデリクチスよりも両生類に近く、アカンソステガよりも魚類に近い[[ティクターリク]]が[[2006年]]に発表された<ref>ドーキンス(2009) pp.230-261</ref><ref>シュービン(2008) Ch.2</ref>。[[無脊椎動物]]では、祖先的な[[ハチ]]の特徴と、より新しく進化した[[アリ]]の特徴を併せ持つ[[アケボノアリ]]などの例がある<ref>コイン(2010) pp.106-107</ref>。移行化石は次々と発見されており、たとえば[[2009年]]には、[[鰭脚類]]([[アシカ]]や[[アザラシ]])と陸上[[食肉類]]との中間的な特徴を示す化石<ref>Rybczynski et al.(2009)</ref>や、[[真猿類]]の祖先に近縁だと考えられる[[ダーウィニウス]]の化石<ref>Franzen et al.(2009)</ref>が報告されている<ref>ドーキンス(2009) p.266, pp.275-276</ref>。[[人類]]が他の[[類人猿]]に似た祖先から進化してくる過程を示す化石も見つかっている<ref>コイン(2010) Ch.8</ref><ref>ドーキンス(2009) Ch.7</ref>。
{{Main|ミッシング・リンク}}
 
[[分類群]]間の中間的な特徴を示す化石が得られないことを指して「[[ミッシング・リンク]]」と呼んでいる。
 
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特定の方向でだけ、断片的な情報を集めると[[Wikipedia:独自研究は載せない]]に該当してしまう。
 
しかし、分類群間の移行段階と考えられる化石はすでに一部得られている<ref name=coyne78>コイン(2010) pp.78-81</ref><ref>ドーキンス(2009) Ch.6</ref>。分類群の起源となった種そのものを見つけるのは確かに困難だが、それに近縁な種の化石があれば、進化過程を解明するのに充分である<ref name=coyne78/>。たとえば[[爬虫類]]と[[鳥類]]の特徴を併せ持つ化石には有名な[[始祖鳥]]に加えて、多数の[[羽毛恐竜]]がある<ref>コイン(2010) pp.87-98</ref><ref>Chiappe(2009)</ref>。[[クジラ]]の進化過程は、時折水に入る陸生[[哺乳類]]であった[[インドヒウス]]に始まり、徐々に水中生活に適応していく一連の化石から明らかになっている<ref>コイン(2010) pp.98-105</ref><ref>Thewissen et al.(2009)</ref>。現在の[[魚類]]と[[両生類]]をつなぐ移行化石としては[[エウステノプテロン]]、[[パンデリクチス]]、[[アカンソステガ]]、[[イクチオステガ]]などが知られていたが、さらにパンデリクチスよりも両生類に近く、アカンソステガよりも魚類に近い[[ティクターリク]]が[[2006年]]に発表された<ref>ドーキンス(2009) pp.230-261</ref><ref>シュービン(2008) Ch.2</ref>。[[無脊椎動物]]では、祖先的な[[ハチ]]の特徴と、より新しく進化した[[アリ]]の特徴を併せ持つ[[アケボノアリ]]などの例がある<ref>コイン(2010) pp.106-107</ref>。移行化石は次々と発見されており、たとえば[[2009年]]には、[[鰭脚類]]([[アシカ]]や[[アザラシ]])と陸上[[食肉類]]との中間的な特徴を示す化石<ref>Rybczynski et al.(2009)</ref>や、[[真猿類]]の祖先に近縁だと考えられる[[ダーウィニウス]]の化石<ref>Franzen et al.(2009)</ref>が報告されている<ref>ドーキンス(2009) p.266, pp.275-276</ref>。[[人類]]が他の[[類人猿]]に似た祖先から進化してくる過程を示す化石も見つかっている<ref>コイン(2010) Ch.8</ref><ref>ドーキンス(2009) Ch.7</ref>。
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===生物地理学から===
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====不合理な形態====
「その(進化は既存の形態を徐々に変化させて進んでいくものであり、一から設計しなおすようなことは起こらない<ref>遠藤(2006) pp.47-48</ref>。そ結果として機能的に不合理な形態に進化してしまうことがある」という{{誰|date=2014年3月}}<!--それが、原因、因果関係の全てだ、と(非科学的な、かつ誤りの)主張しているのは誰か?-->。極端な例は[[反回神経]]である。これは[[喉頭]]と[[脳]]をつなぐ[[神経]]であり、[[サメ]]ではその間を最短に近い経路で結んでいる。しかし、脊椎動物の進化過程で[[胸]]や[[顎]]の構造が変化するなかで、哺乳類では、この神経は喉頭から[[心臓]]の辺りまで下り、その後また上昇して脳にいたるという明らかな遠回りをするようになった。その結果、直線で結べば数[[センチメートル]]でよいはずの神経が、ヒトでは10センチメートル程度、[[キリン]]では数[[メートル]]に及ぶ長さになっている<ref>ドーキンス(2009) pp.501-507</ref>。同様に哺乳類の[[輸精管]]は、[[精巣]]と[[ペニス]]を最短距離で結ぶのではなく、[[尿管]]の上まで迂回するように伸びている。これは、哺乳類の進化過程で体内にあった精巣が下に下りてきたときに生じた不合理であると考えられる<ref>ウィリアムズ(1998) pp.232-236</ref><ref>ドーキンス(2009) pp.507-508</ref>。同様の不合理な形態は、人体にも数多く見られる<ref>遠藤(2006) Ch.4</ref><ref>ドーキンス(2009) p.508</ref>。
遠藤によると「進化は既存の形態を徐々に変化させて進んでいくものであり、一から設計しなおすようなことは起こらない<ref>遠藤(2006) pp.47-48</ref>」という。
 
「その(既存の形態を徐々に変化させることの)結果として機能的に不合理な形態に進化してしまうことがある」という{{誰|date=2014年3月}}<!--それが、原因、因果関係の全てだ、と(非科学的な、かつ誤りの)主張しているのは誰か?-->。極端な例は[[反回神経]]である。これは[[喉頭]]と[[脳]]をつなぐ[[神経]]であり、[[サメ]]ではその間を最短に近い経路で結んでいる。しかし、脊椎動物の進化過程で[[胸]]や[[顎]]の構造が変化するなかで、哺乳類では、この神経は喉頭から[[心臓]]の辺りまで下り、その後また上昇して脳にいたるという明らかな遠回りをするようになった。その結果、直線で結べば数[[センチメートル]]でよいはずの神経が、ヒトでは10センチメートル程度、[[キリン]]では数[[メートル]]に及ぶ長さになっている<ref>ドーキンス(2009) pp.501-507</ref>。同様に哺乳類の[[輸精管]]は、[[精巣]]と[[ペニス]]を最短距離で結ぶのではなく、[[尿管]]の上まで迂回するように伸びている。これは、哺乳類の進化過程で体内にあった精巣が下に下りてきたときに生じた不合理であると考えられる<ref>ウィリアムズ(1998) pp.232-236</ref><ref>ドーキンス(2009) pp.507-508</ref>。同様の不合理な形態は、人体にも数多く見られる<ref>遠藤(2006) Ch.4</ref><ref>ドーキンス(2009) p.508</ref>。
 
===系統分類学から===
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==進化のしくみ==
現在、進化を説明する理論として最も支持されているのは[[ネオダーウィニズム|進化の総合説]]と呼ばれるもので、[[チャールズ・ダーウィン|ダーウィン]]と[[アルフレッド・ラッセル・ウォレス|ウォーレス]]の[[自然選択説]]と、[[グレゴール・ヨハン・メンデル|メンデル]]の遺伝子の理論、[[集団遺伝学]]の理論や[[木村資生]]の[[中立進化説]]を統合したものである。この総合説ではによれば、突然変異によって生じた遺伝子の[[変異]]はランダムでない[[自然選択説|自然選択]]と、確率的に起こる[[遺伝的浮動]]によって個体群中に固定し、新しい形質の出現や種分化などの進化現象を引き起こす主張さ考えらている。
 
===遺伝的変異===
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DNA配列上には現れないが[[遺伝子発現]]の変化による遺伝形質の変化についても、研究が進められている。塩基配列の変化を伴わない遺伝子の制御は[[エピジェネティクス]]と呼ばれ、[[DNAメチル化|DNAのメチル化]]による遺伝子発現抑制や[[ヒストン]]の化学修飾による遺伝子発現変化などがある<ref>佐々木(2005)</ref>。しかしこの様な化学修飾は[[細胞分化]]に大きな役割を持ち、化学修飾が多世代を超えて長期間維持されることはないため、進化の原動力になるか疑問である。ただゲノムには狭義の遺伝子([[コーディング領域]])のみでなく遺伝子の制御領域([[プロモーター]]や[[シスエレメント]])があり、遺伝子の制御領域の突然変異が進化の原動力になる事がある<ref>Jiménez-Delgado S et al (2009)</ref>。
 
ドーキ一般的に、突然変異は「ラダム」起こると言わば、る。の主張の意味は、環境に応じて適応的な変異がより生じやすくなるというようなことはない(寒いからといって、[[毛皮]]を厚くする突然変異が暑い場所よりも生じやすくなることはないなど)という意味だそうあり、あらゆる意味でランダムというわけではないということに注意が必要であるのだという<ref>ドーキンス(2004a) pp.482-485, 493-494</ref><ref>Ridley(2004) p.88-89</ref><ref>Futuyma(2005) pp.178-179</ref>。[[ジャン=バティスト・ラマルク|ラマルク]]は、より多く使われた器官が発達し、その発達が次世代に遺伝することで適応的な遺伝的変異が生じるとした([[用不用説]])が、この説は誤りであることがわかっている<ref>ドーキンス(2004a) pp.452-453</ref>。「{{要出典範囲|突然変異はこのような説<u>を否定する意味においてのみ</u> "ランダム"である。|date=2014年3月}}実際には突然変異はあらゆる意味で「ランダム」と主張は言えず、たとえば[[放射線]]や[[発癌性]]物質によって誘発された{{誰|date=2014年3月}}
一般的に言えば、「遺伝子の突然変異は "[[ランダム]]"に起こる」と主張されている。ただし、実際には突然変異はあらゆる意味で「ランダム」とは言えない。
 
ドーキンスによれば、この主張の意味は、環境に応じて適応的な変異がより生じやすくなるというようなことはない(寒いからといって、[[毛皮]]を厚くする突然変異が暑い場所よりも生じやすくなることはないなど)という意味だそうで、あらゆる意味でランダムというわけではないということに注意が必要であるのだという<ref>ドーキンス(2004a) pp.482-485, 493-494</ref><ref>Ridley(2004) p.88-89</ref><ref>Futuyma(2005) pp.178-179</ref>。[[ジャン=バティスト・ラマルク|ラマルク]]は、より多く使われた器官が発達し、その発達が次世代に遺伝することで適応的な遺伝的変異が生じるとした([[用不用説]])が、この説は誤りであることがわかっている<ref>ドーキンス(2004a) pp.452-453</ref>。「{{要出典範囲|突然変異はこのような説<u>を否定する意味においてのみ</u> "ランダム"である。|date=2014年3月}}」と主張された{{誰|date=2014年3月}}。
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遺伝子突然変異の種類の分類だけでなく、それぞれの分類の確率の分布を、本当に科学的に統計調査した資料を示すべき。調査も行わず、ただの思い込みで主張した文を、出典も示さず。
どこかの誰かが主張していても、本当はその主張は、科学的調査も行わず、当て推量をしたものや、固定観念にとらわれた、インチキ科学にすぎないだろうが。-->
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例えば、と言って、根拠も無しに、思いついた分類タイプを列挙するのはいかがなものか。本当に頻度の多いものから順に、正確な統計数字(できれば小数点以下まで)を挙げられるようでなければ、正確な自然科学とは言い難い。ただの蓋然的な文章。古い哲学風の文章。
 
{{要出典範囲|たとえば[[放射線]]や[[発癌性]]物質によって誘発される|date=2014年3月}}」。-->
 
突然変異は発生の過程を変化させることによって[[表現型]]を変化させるので、変化の範囲には限りがある<ref>ドーキンス(2004a) pp.491-493</ref>。この制約がどの程度実際の進化に影響するかについては議論がある<ref>ルース(2008) Ch.11</ref>。