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* 『地球＝誕生と進化の謎』（[[講談社現代新書]] 1990年）
* 『宇宙誌』（徳間書店 1993年、徳間文庫 1998年、[[岩波現代文庫]] 2009年10月）
* 『最後の選択―文明・人類はどこへ行くのか』（徳間書店 1994年)
* 『地球進化探訪記』（岩波書店「岩波科学ライブラリー10」、1994年）
* 『地球倫理へ』（岩波書店 1995年）
* 『150億年の手紙』（徳間書店 1995年）
* 『惑星科学入門』（[[講談社学術文庫]] 1996年）
* 『地球・宇宙・そして人間 1～3』（徳間書店、1987－95年）▼
* 『巨大隕石の衝突―地球大異変の歴史を読み解く』（[[PHP研究所]] 1997年）
* 『地球学―長寿命型の文明論』（[[ウェッジ]] 1998年）
* 『地球大異変―恐竜絶滅のメッセージ』（[[ワック]] 1998年）
* 『地球・46億年の孤独―ガイア仮説を超えて』（徳間書店 2000年）
* 『1万年目の「人間圏」』（[[ワック]] 2000年）
* 『絶滅恐竜からのメッセージ―地球大異変と人間圏』（[[ワック]] 2002年）
* 『宇宙からみる生命と文明―アストロバイオロジーへの招待』（日本放送出版協会、2002年）
* 『宇宙人としての生き方』（[[岩波新書]] 2003年）
* 『宇宙生命、そして「人間圏」』（[[ワック]] 2005年）
* 『宇宙で地球はたった一つの存在か』（[[ウェッジ]] 2005年）
* 『松井教授の東大駒場講義録』（[[集英社新書]] 2005年）
* 『コトの本質』（[[講談社]] 2006年）
* 『われわれはどこへ行くのか?』（[[筑摩書房]] 2007年）
* 『「わかる」と「納得する」―人はなぜエセ科学にはまるのか』（[[ウェッジ]] 2007年）
▲* 『地球・宇宙・そして人間 1～3』（徳間書店、1987－95年）
* 『地球システムの崩壊』（[[新潮選書]] 2007年）
* 『新版 地球進化論』（[[岩波書店]] 2008年）
* 『新版 再現!巨大隕石衝突―6500万年前の謎を解く』（[[岩波書店]] 2009年）
* 『探査機でここまでわかった太陽系』（[[技術評論社]]「知りたい！サイエンス」、2011年） ほか多数
* 『我関わる、ゆえに我あり ―地球システム論と文明』（[[集英社]] 2012年）
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