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特に乳児では誤嚥性の肺炎も少なからず見られるが、高齢者と異なり誤嚥性肺炎でも緑膿菌感染症は少ないため、スルバクタム・アンピシリン (嫌気性菌にも有効であるため) を選択する。誤嚥性肺炎が疑わしい場合には、気道症状が治まるまで経口哺乳の禁止が必要となることもある。
 
学童以上の年齢では[[マイコプラズマ]]による肺炎が多くなる。細菌性肺炎との鑑別はX線像ではまず不可能であり、血液所見 (好中球増加の有無、[[C反応性蛋白]]上昇の有無、マイコプラズマIgM迅速検査など) や全身状態、気道症状の程度などが参考となる。マイコプラズマには[[β-ラクタム系抗生物質|βラクタム系の抗菌薬]]が無効であるが、[[テトラサイクリン系抗生物質]] ([[ミノサイクリン]]など) や[[ニューキノロン|ニューキノロン系抗菌薬]]は副作用の問題で小児には投与しにくい、あるいはできないため、[[マクロライド系抗生物質]]を選択する (永久歯が生えていない小児にテトラサイクリンを投与すると、後に生えた永久歯に黄色く色素沈着することがある。また骨成長障害が副作用としてみられることも知られている。ニューキノロン系多くではの小児への投与は、動物実験で関節障害が見られたために日本では禁忌となっている。[[トスフロキサシン]] (商品名:オゼックス®小児用細粒) は例外で小児への適応症をもつ)。
 
基礎疾患や障害のある患児では、その疾患によって肺炎の起炎菌に特徴がある。また、過去の細菌検査の結果も起炎菌推定の助けになる。