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'''分子'''（ぶんし）とは、2つ以上の[[原子]]から構成される[[電荷]]的に中性な[[物質]]を指す<ref name="iupac">IUPAC. Compendium of Chemical Terminology, 2nd ed. (the "Gold Book"). Compiled by A. D. McNaught and A. Wilkinson. Blackwell Scientific Publications, Oxford (1997). XML on-line corrected version: http://goldbook.iupac.org (2006-) created by M. Nic, J. Jirat, B. Kosata; updates compiled by A. Jenkins. ISBN 0-9678550-9-8. {{DOI|10.1351/goldbook.M04002}}. </ref>。厳密には、分子は少なくとも1つ以上の振動[[エネルギー準位]]を持つほどに充分に深いエネルギーポテンシャル表面のくぼみを共有する原子の集まりを指す<ref name="iupac"/>。ほとんどの原子は、同種あるいは異なる原子と[[化学結合]]により結びついて分子を形成する。
[[希ガス]]のように、単原子で安定な[[化学種]]を[[単原子分子]]と呼ぶことがある。ただし、宇宙空間などの真空に近い環境では、他の原子も単体で安定している。それに対して、複数の原子から成る分子は多原子分子と呼ばれる。英語のmoleculeという語は、ラテン語の「量」あるいは「塊」を意味する''moles''と縮小辞の''cula''に由来する<ref>『世界大百科事典』（参考文献）</ref>。
化学結合に結び付けられた分子内の原子は内部エネルギーにより[[振動]]しているので、分子の構造は必ずしも静的ではない。分子内の化学結合の乖離や新しい結合の生成し構成する原子の組み換えが起こると分子の種類、すなわち物質の変化として認識される（[[化学反応]]に詳しい）。分子から[[電子]]が付加あるいは脱離した[[イオン]]は分子イオンと呼ばれる。
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