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これにより、H1N1亜型であったことと、[[鳥インフルエンザ]]ウイルスに由来するものであった可能性が高いことが証明された。よって、スペインかぜはそれまでヒトに感染しなかった鳥インフルエンザウイルスが[[突然変異]]し、受容体がヒトに感染する形に変化するようになったものと考えられている。つまり、当時の人々にとっては全く新しい感染症([[新興感染症]])であり、スペインかぜに対する免疫を持った人がいなかったことが、この大流行の原因だと考えられている。
 
スペインかぜについては、解読された遺伝子からウイルスを復元したところ、マウスに壊死性の[[気管支炎]]、出血を伴う中程度から重度の[[肺胞炎]]、[[肺胞浮腫]]を引き起こすことが判明した。このような強い病原性はウイルス表面にある[[タンパク質|蛋白質]]HA([[赤血球凝集素]]、[[ヘマグルチニン]])が原因である。また、スペインかぜウイルスは、現在のインフルエンザウイルスよりも30倍も早く増殖する能力を持つことが分かっている(増殖をつかさどる3つの[[DNAポリメラーゼ]]遺伝子による)。<!-- インフルエンザウイルスに感染した人がさらに他の細菌に感染する、二次感染症によって死んだ人が多かったものと考えられている。 -->
 
通常の流行では小児と老人で死者が多いのだが、スペインかぜでは青年層の死者が多かった点に関し<!-- これはパンデミック以前にH1N1亜型の流行があり壮年層に免疫があったのではないかという説があるが、少年以下層の死者が特に多くないために疑問視されている。| 疑問視されている、すなわち、多分間違っているというのであれば書かないほうが良いのでは -->[[2005年]]5月に[[:en:Michael Osterholm|Michael Osterholm]]はウイルスによって引き起こされるサイトカイン・ストームが原因<ref>[http://content.nejm.org/cgi/content/full/352/18/1839 Preparing for the Next Pandemic] [[ニューイングランド・ジャーナル・オブ・メディシン|NEJM]].</ref>であるという仮説を提唱<ref>[http://content.nejm.org/cgi/content/full/352/18/1839/F3 Proposed Mechanism of the Cytokine Storm Evoked by Influenzavirus] [[ニューイングランド・ジャーナル・オブ・メディシン|NEJM]].</ref>したが、これに反対する説もある。
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