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;'''''[[:en:Aspergillus oryzae|Aspergillus oryzae]]'' (Ahlburg) Cohn　[[ニホンコウジカビ]]:''':(''[[:en:Aspergillus flavus|Aspergillus flavus]]'')から生じた家畜種とされ[[アフラトキシン]]産生能を遺失している<ref name="myco.64.197">加藤直樹ほか、[http://doi.org/10.2520/myco.64.197 麹菌においてマイコトキシン生産を防ぐセーフガードとシクロピアゾン酸生合成機構] マイコトキシン Vol.64 (2014) No.2 p.197-206</ref>。デンプンをブドウ糖に分解する性質に優れ日本酒や[[甘酒]]、[[味醂]]の、タンパク質をアミノ酸に分解する性質が味噌、醤油の製造に利用されている。
:*[[2004年]]に農学博士 [[一島英治]]が[[日本醸造協会]]誌第99巻第2号巻頭随想において「麹菌は[[国菌]]である」と提唱。[[2006年]][[10月12日]][[日本醸造学会]]大会で麹菌（''Aspergillus oryzae''）が国菌に認定された。
:*[[2005年]][[12月]]、[[醸造協会]]、[[酒類総合研究所]]、[[産業技術総合研究所]]、[[食品総合研究所]]、[[東京大学]]、[[東京農工大学]]など、[[東北大学]]、[[名古屋大学]]、アクシオヘリックス、天野エンザイム、インテックW&G、大関、[[キッコーマン]]、協和発酵工業、[[月桂冠]]、ヒゲタ醤油の国内16機関で組織されする「麹菌ゲノム解析コンソーシアム」と[[製品評価技術基盤機構]]がニホンコウジカビ（Aspergillus oryzae RIB40株）の[[ゲノム]]解読に成功している<rf>http://www.aist.go.jp/aist_j/press_release/pr2005/pr20051222/pr20051222.html 麹菌のゲノム解析を完了2005/12/22</ref>。ニホンコウジカビが生産する酵素は、タカジアスターゼなどとして消化剤にも使用されている。
 
;'''''[[:en:Aspergillus sojae|Aspergillus sojae]]'' Sakaguchi & Yamada　[[ショウユコウジカビ]]:''':タンパク質をアミノ酸に分解する性質が特に強く、味噌、醤油の製造に使われる。[[醤油#醤油の種類と特徴など|たまり]]の製造に使われるのは''[[:en:Aspergillus tamarii|Aspergillus tamarii]]''。
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