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全てのInChIは、”InChI=”という文字列から始まり、現在は1であるバージョンの数が続く。standard InChIでは、これにSの文字が続く。残りの情報は、レイヤーとサブレイヤーの配列として構造化され、各々のレイヤーは、1つの種類の情報を収める。レイヤーとサブレイヤーは、[[デリミター区切り文字]] ”/” で隔てられ、(メインレイヤーの化学式サブレイヤーを除き)固有の接頭文字で始まる。6つのレイヤーと各々の重要なサブレイヤーは、以下の通りである。
 
1. メインレイヤー
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6. 再接続レイヤー(接頭文字:”r”) - 金属原子と再接続する全ての構造のInChIを含む。standerd InChIには含まれない。
 
デリミター区切り文字と接頭文字のフォーマットは、使用者が特定のレイヤーのみ合致する識別子を探すために容易に[[ワイルドカード (情報処理)|ワイルドカード]]検索を実施できる点で優位性がある。
 
==例==