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かつては[[原生動物]][[根足虫]]類、あるいは肉質鞭毛虫類の中で、有軸仮足虫類の一員として扱われていた。同じく有軸仮足虫類でよく似たものに[[太陽虫]](たいようちゅう)があるが、細胞質がはっきりとした二層に分かれないこと、簡単な殻を持つものもあるが、骨針や珪酸質の丈夫な殻を持たないことで区別される。
 
他の原生生物と同じく、放散虫も微細構造観察や分子系統解析が進むにつれてその位置や分類体系が見直されてきた。一時期は多系統的で放散虫という自然群は存在しないと考えられたこともある。現在は[[リザリア]]の中に含められ、珪酸質骨格を作る[[ポリスティナ類]](多泡類)と硫酸[[ストロンチウム]]骨格を作る[[アカンタリア類]](棘針類)に大別される。それ以外にも、従来は中心嚢がないため太陽虫だと考えられてきたスチコロンケ(''Sticholonche'')も放散虫に含める。
 
なお伝統的には[[ファエオダリア類]](濃彩類または三孔類)も放散虫に含めていた。これは珪酸と有機物の骨格を持ち、仮足が中心嚢にある三つの口から出るものである。しかし分子系統では同じリザリアではあるが[[Cercozoa]]に含まれる独立した群となり、形態上の類似性は収斂進化の結果と考えられる。
 
ポリスティナ類:珪酸質の殻を持つ。成長期のものは厚いカプセル状の膜に包まれる。
*Spumellarida:''Cenosphaera'',''Spongosphaera'',''Stylotrochus'',''Thalassicolla'',''Thalassolampe'',''Xiphospira''
*Nassellarida:''Cyrtocalpis''
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