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現存する栽培種の起源は野生イネ集団からジャポニカ米の系統が生まれ、後にその集団に対して異なる野生系統が複数回交配された結果、[[インディカ米]]の系統が生じたと考えられている<ref name="nig1110"/>。
 
中国では紀元前6000年から紀元前3000年までの栽培痕跡は黄河流域を北限とした地域までに限られている。以降、紀元前3000年以降山東半島先端部や遼東半島にまで分布した。<!--最古の水稲の痕跡とされる前七世紀の欣岩里遺跡のイネは陸稲であろう。前六世紀とされる検丹里遺跡の水田跡も水田や環壕まで前六世紀の物と見るのは疑義がある。松菊里遺跡を水稲耕作開始期の遺跡と見るべきではないか。『稲作の起源』355-366頁、池橋宏、 紀元前2000年代には朝鮮半島まで拡大した<ref>甲元眞之、「東アジアの先史農耕」青驪 No.5 2008-2-29 p.30-33, {{hdl|2298/22921}}</ref>。-->いっぽう東南アジア、南アジアへは起元前2500年以降に広まったと考えられる<ref>Fabio Silva , Chris J. Stevens, Alison Weisskopf, Cristina Castillo, Ling Qin, Andrew Bevan, Dorian Q. Fuller (2015) Modelling the Geographical Origin of Rice Cultivation in Asia Using the Rice Archaeological Database ; PLOS ONE, published: September 1, 2015 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0137024</ref>。
 
=== 日本への伝来 ===