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2004年8月に、「'''GeNii'''」(ジーニイ、NII学術コンテンツ・ポータル。2014年3月廃止)のコンテンツの一つとして、「'''CiNii'''」(NII論文情報ナビゲータ)の試行運用が開始された。これが現在の「'''CiNii Articles'''」であり、2011年11月に「[[NACSIS-CAT|Webcat]]」の後継サービスである「'''CiNii Books'''」が新設されることに伴い、従来の「CiNii」が「CiNii Articles」に改称された。2015年6月には博士論文を対象とする「'''CiNii Dissertations'''」が新設された(博士論文は、2013年4月の[[学位規則]]改正によりインターネット公開が義務化されている)。
CiNii Articles および CiNii Dissertations の各論文には、CiNii内固有のIDである、'''NII論文ID'''(NAID)が割り当てられている<ref>{{Cite web|url=http://ci.nii.ac.jp/info/ja/manual_bib.html|author=CiNii|title=論文詳細表示画面の使い方|work=CiNii マニュアル|accessdate=2010-08-11}}</ref>。このIDによって、その論文の詳細表示画面を開くことができ、例えば、[[南部陽一郎]]の『新粒子について』のNAIDは、110002073474であるので、URLは「{{URL|http://ci.nii.ac.jp/naid/110002073474|http://ci.nii.ac.jp/naid/110002073474}}」となる。
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