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しかし、{{by|2016年}}は優勝時のレギュラーであった[[畠山和洋]]が故障離脱するなどして5位と大きく成績を落とす。
翌{{by|2017年}}は畠山がシーズン開幕早々またも故障離脱したのに加えて、同じく優勝時のレギュラーである[[川端慎吾]]が手術で一軍出場なし、前年にNPB史上初の2年連続トリプルスリーを達成した[[山田哲人]]のシーズン打率が.250にすら届かないなど打線のつながりを欠き、投手陣もエース格の[[小川泰弘]]や[[石川雅規]]が不調で二桁勝利投手ゼロと完全崩壊し、チNPB史上66年ぶりの10点差逆転勝利（7月26日）など明るい話題もあったものの、最終的に球団ワーストの96敗・NPB史上61年ぶりの前半戦における2度の二桁連敗などを喫するという散々な結果となり、シーズン途中の8月22日に真中の辞任が発表され<ref>{{Cite web|url=http://www.yakult-swallows.co.jp/news/detail/21126|title=真中満監督が今季限りでの辞意を表明 | 東京ヤクルトスワローズ|accessdate=2017-08-22|date=2017-08-22|subject=東京ヤクルトスワローズ}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://www.tokyo-sports.co.jp/sports/baseball/740646/|title=ヤクルト真中監督が辞任発表「来季預かったところで正直勝つ自信はありません」|accessdate=2017-09-03|date=2017-08-22|subject=東スポWeb}}</ref>、シーズン全日程終了後に真中は監督を退任した。
=== 監督退任後 ===
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