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[[自衛隊法]]第80条{{refnest|group=注釈|自衛隊法第80条第1条は、「[[内閣総理大臣]]は、第七十六条第一項([[防衛出動]])又は第七十八条第一項([[治安出動]])の規定による[[自衛隊]]の全部又は一部に対する出動命令があつた場合において、特別の必要があると認めるときは、海上保安庁の全部又は一部をその統制下に入れることができる。」、同法同条第2項は「内閣総理大臣は、前項の規定により海上保安庁の全部又は一部をその統制下に入れた場合には、[[政令]]で定めるところにより、[[防衛大臣]]にこれを指揮させるものとする。」、同法同条第3項は「内閣総理大臣は、第一項の規定による統制につき、その必要がなくなつたと認める場合には、すみやかに、これを解除しなければならない。」と規定する。}}により、自衛隊の[[防衛出動]]や[[治安出動]]があった際に特に必要な場合には、[[内閣総理大臣]]の命令により[[防衛大臣]]の指揮下に組み入れられる可能性がある。これは、初期の海上保安庁(後に[[海上警備隊]]を経て[[海上自衛隊]]が創設される)の設立モデルとなった[[アメリカ沿岸警備隊]]が、戦時には[[アメリカ海軍]]の指揮下に入って[[軍隊]]として運用される規定に倣ったものである。<!-- ”なお、アメリカ海軍は、第1艦隊を欠番とし、有事の際は沿岸警備隊が、アメリカ海軍第1艦隊として活動する。これは、アメリカの場合には海軍よりも沿岸警備隊の創設が早かったためである。-->
 
ただし、防衛大臣の指揮下に入った場合でも、その行動範囲や活動権限は特に通常時と変わらない(特に[[交戦規定|武器の使用]]については、あくまでも[[警察官職務執行法]]に従わなければならない)ことから、あくまでも自衛隊が必要とするところ(自衛隊施設など)への警備を手厚くするよう指示したり、実際の警備行動において自衛隊と海上保安庁の各部隊機関を一元的に指揮し、両者の連携を円滑にする程度に留まると思われる。また、「文面を見る限り、自衛隊法第80条は、海上保安庁法第25条と矛盾するのでないか」との指摘もあるが、防衛大臣の海上保安庁の[[部隊]]に対する指揮は、直接行われるのではなく、海上保安庁長官([[文官]])に対して(間接的に)行われるに過ぎない<ref>自衛隊法施行令第103条「法第80条第2項 の規定による大臣の海上保安庁の全部又は一部に対する指揮は、海上保安庁長官に対して行うものとする。」。</ref>。そのため、矛盾しないものと考えられている。
 
=== その他の大臣による指揮 ===