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流通果実としての「デコポン」は熊本果実連が所有する登録商標であり、全国の柑橘関係農協県連合会を通じて出荷された不知火のうち、高品質を保つ一定の基準([[糖度]]13度以上、酸度1度以下<ref>{{Cite web|url=https://jasaga.or.jp/s/agriculture/nousanbutsu/dekopon|title=果樹・不知火(デコポン)|publisher=[[佐賀県農業協同組合]]|deadlinkdate=2017-05-09 |accessdate=2017-05-10 |archiveurl=https://archive.is/20151020191521/https://jasaga.or.jp/s/agriculture/nousanbutsu/dekopon |archivedate=2015-10-20}}</ref>)をクリアしたものだけがその名を使用することができる<ref>{{Cite web|date=2005-12-01|url=http://www.nichienren.or.jp/home/topic/srnh.htm|title=デコポン|publisher=日本園芸農業協同組合連合会|accessdate=2017-05-09}}</ref>。よって熊本県産以外の「デコポン」もあるが、生産者個人での販売や柑橘関係農協県連合会を経由しない販売についてはデコポンの名称は使用できない<ref>{{Cite web|date=2005-12-01|url=http://www.tokyo-seika.co.jp/topics06/documents/deko1.pdf|format=PDF|title=デコポンの商標登録について|publisher=熊本県果実農業協同組合連合会|accessdate=2017-05-09}}</ref>。全国統一糖酸品質基準を持つ日本で唯一の果物の登録商標である。
 
元々は1972年、[[長崎県]][[南高来郡]][[口之津町]](現・[[南島原市]])の[[農林水産省]]果樹試験場口之津支場(現・行政研究開発法人[[農業・食品産業技術総合研究機構]][[果樹九州沖縄農業研究センター]][http://www.naro.affrc.go.jp/karc/introduction/access.html#kuchinotsu 口之津カンキツ研究口之津拠点試験地])が「[[清見]]」と「[[ポンカン]]」を[[交配]]させて作った。見た目の悪さと育てにくさから農水省は量産に不向きと判断し、品種登録をしなかった。その後、苗木が盗まれ[[島原湾]]を挟んだ熊本県に渡り、[[不知火町]](現・[[宇城市]])で栽培された。収穫して食べてみると酸っぱかったため、しばらく放置した実を後日食べてみると甘くなっていることを発見。食用としての生産・栽培が本格化した。2011年時点での全国の生産量は約4万4800t<ref>「見かけより中身で勝負のデコポン」『[[朝日新聞グローブ]]』フルーツ特集(2014年2月2日-2月15日号)</ref>。
 
[[1991年]]からシラヌヒ系のうち糖度13度以上のものを選択して「デコポン」の名称で商品化・出荷が開始された<ref>{{Cite web|url=http://kudamono-noukyo.com/kankitsu/kankitsu08.html|title=デコポン(しらぬい)(柑橘)|JAPAN FRUIT ROAD 日本くだもの農協|publisher=日本くだもの農協|accessdate=2017-05-09}}</ref>。歪な外見上の特徴を逆にセールスポイントにしようとして命名されている。[[1993年]]7月には熊本果実連が出願していた「デコポン」「DEKOPON」の登録商標が認可された(種苗登録はされていない)。熊本果実連は初出荷日の[[3月1日]]を「デコポンの日」として制定し、[[日本記念日協会]]に登録された<ref>{{Cite web|url=http://www1.neweb.ne.jp/wa/3kj/deko-kinenbi.pdf|format=PDF|title=デコポンの日制定|publisher=熊本県果実農業協同組合連合会|deadlinkdate=2017-05-09|accessdate=2017-05-10|archiveurl=https://web.archive.org/web/20061010071435/http://www1.neweb.ne.jp/wa/3kj/deko-kinenbi.pdf|archivedate=2006年10月10日|deadurldate=2017年9月}}</ref>。
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