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}}</ref>。[[ウィーン万国博覧会]]への出品準備として[[1872年]](明治5年)に開かれた湯島聖堂博覧会(文部省博物館)が日本の博物館の始まりとされ、[[東京国立博物館]]はこの時をもって館の創立としている<ref>[http://www.tnm.jp/modules/r_free_page/index.php?id=144 「館の歴史 湯島聖堂博覧会」](東京国立博物館サイト)</ref>。文部省博物館は翌年には[[太政官]]所轄の「博覧会事務局」に改編。1875年(明治8年)、博覧会事務局から博物館と書籍館([[国立国会図書館]]の前身)が分離して文部省の管轄に復帰し、前者は東京博物館と改称された。また、博覧会事務局は[[内務省 (日本)|内務省]]管轄の博物館に改編され、東京にはこれら2系統の博物館が存在することとなった<ref>[http://www.mext.go.jp/b_menu/hakusho/html/others/detail/1318236.htm 『学制百二十年史』「草創期の社会教育」](文部科学省サイト)</ref>。東京博物館は1877年(明治10年)に上野公園内に移転して教育博物館と改称された。この教育博物館は現在の[[国立科学博物館]]である<ref>[http://www.kahaku.go.jp/about/summary/history/index.html 科博の概要と沿革](国立科学博物館サイト)</ref>。なお、[[東京国立博物館]]は前述の内務省管轄の博物館を前身とし、教育博物館とは別に人文系の博物館として同じく上野公園内に1882年(明治15年)に移転したもので、その建物はイギリス人の[[ジョサイア・コンドル]]の設計によるものであった(関東大震災で倒壊)。
 
博物館の多くは1975年代から急激に増え始め、1988年(昭和63年)に始まった「[[ふるさと創生事業]]」では各地で博物館の新設ラッシュが起き、1980年代後半の[[バブル期]]まで増え続け、1998年(平成10年)を過ぎると館数は急激に減少していった<ref>竹内誠監修『知識ゼロからの博物館入門』幻冬舎 2010年 196ページ)</ref>。
 
[[資料館]]、[[美術館]]、[[文学館]]、[[歴史館]]、[[科学館]]、[[水族館]]、[[動物園]]、[[植物園]]などの施設は日本語では博物館の名を持たないが、いずれも世界標準からは博物館そのもの、あるいは博物館に準じる施設(生きている生物を主に扱う施設の場合)であり、後述する日本の法制上でも、条件を満たして登録措置を受ければ、博物館法上の博物館、あるいはそれに準じた博物館相当施設として扱われる。こうした法制上の扱いを度外視し、名称上博物館を名乗らないが実質的に博物館そのものである施設を数え上げれば、3000から4000の博物館が日本に存在するといわれる。