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またEBVは腫瘍形成に関わる'''[[腫瘍ウイルス]]'''（'''癌ウイルス'''）としても知られ、種々の[[悪性リンパ腫]]・[[胃癌]]・[[上咽頭癌|上咽喉癌]]・[[平滑筋肉腫]]・[[唾液腺腫瘍|唾液腺癌]]といった種々の癌を引き起こすことも知られている<ref>Maeda E, Akahane M, Kiryu S, Kato N, Yoshikawa T, Hayashi N, Aoki S, Minami M, Uozaki H, Fukayama M, Ohtomo K (2009). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19373526 "Spectrum of Epstein–Barr virus-related diseases: a pictorial review"]. ''Japanese Journal of Radiology''. '''27''' (1): 4–19., [[PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19373526 19373526], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11604-008-0291-2 10.1007/s11604-008-0291-2].</ref>。最近では[[乳癌]]を引き起こすことができることも示されている<ref group="注釈" name=":2">Hu H, Luo ML, Desmedt C, Nabavi S, Yadegarynia S, Hong A, Konstantinopoulos PA, Gabrielson E, Hines-Boykin R, Pihan G, Yuan X, Sotirious C, Dittmer DP, Fingeroth JD, Wulf GM (2016). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27333046/ "Epstein-Barr Virus Infection of Mammary Epithelial Cells Promotes Malignant Transformation"]. ''EBioMedicine''. '''9''': 148-60., [[PMC (アーカイブ)|PMC]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4972522/ 4972522], [[PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27333046/ 27333046], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://www.ebiomedicine.com/article/S2352-3964(16)30209-2/fulltext 10.1016/j.ebiom.2016.05.025].</ref>。
 
またEBVは近年、様々な'''[[自己免疫疾患]]'''（[[全身性エリテマトーデス]]・[[関節リウマチ]]・[[シェーグレン症候群]]・[[多発性硬化症]]・[[バセドウ病]]など）における[[自己抗体]]産生・自己免疫応答の引き金となり、自己免疫疾患の原因となっているとことが明らかにされている<ref>Dreyfus DH (2011). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21871974 "Autoimmune disease: A role for new anti-viral therapies?"]. ''Autoimmunity Reviews''. '''11''' (2): 88–97., [[PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21871974 21871974], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1568997211001753?via%3Dihub 10.1016/j.autrev.2011.08.005].</ref><ref group="注釈" name=":3">Pender MP (2012). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22312480 "CD8+ T-Cell Deficiency, Epstein-Barr Virus Infection, Vitamin D Deficiency, and Steps to Autoimmunity: A Unifying Hypothesis"]''. Autoimmune Diseases''. '''2012''': 189096., [[PMC (アーカイブ)|PMC]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3270541/ 3270541], [[PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22312480 22312480], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://www.hindawi.com/journals/ad/2012/189096/ 10.1155/2012/189096].</ref><ref group="注釈" name=":4">Minamitani T, Yasui T, Ma Y, Zhou H, Okuzaki D, Tsai CY, Sakakibara S, Gewurz BE, Kieff E, Kikutani H (2015). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26305967 "Evasion of affinity-based selection in germinal centers by Epstein-Barr virus LMP2A"]. ''Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America''. '''112''' (37): 11612-7., [[PMC (アーカイブ)|PMC]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4577157/ 4577157], [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26305967 26305967], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [http://www.pnas.org/content/112/37/11612 10.1073/pnas.1514484112].</ref><ref group="注釈" name=":5">[http://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2015/20150825_1 自己免疫疾患の引き金となるウイルス因子を同定]リソウ 2015年8月25日</ref><ref group="注釈" name=":86">[http://www.sankei.com/west/news/150828/wst1508280036-n1.html 【坂口至徳の科学の現場を歩く】 誰もが感染ヘルペス…EBウイルスの因子を解明 阪大、自己免疫疾患の治療に道]産経WEST 2015年8月28日</ref><ref name=":9">Nagata K, Kumata K, Nakayama Y, Satoh Y, Sugihara H, Hara S, Matsushita M, Kuwamoto S, Kato M, Murakami I, Hayashi K (2017). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28333576 "Epstein-Barr Virus Lytic Reactivation Activates B Cells Polyclonally and Induces Activation-Induced Cytidine Deaminase Expression: A Mechanism Underlying Autoimmunity and Its Contribution to Graves' Disease"]. ''Viral Immunology''. '''30''' (3): 240-249., [[PMC (アーカイブ)|PMC]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5393416/ 5393416], [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28333576 2833576], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/vim.2016.0179 10.1089/vim.2016.0179].</ref><ref name=":10">長田佳子、林一彦[http://www.kahyo.com/item/M201609-663 「EBウイルスはバセドウ病の発症や憎悪の最終因子となる」]''臨床免疫・アレルギー科 = Clinical immunology & allergology''. '''66''' (3), 261-266, 2016-09. 科学評論社</ref><ref>Toussirot E, Roudier J (2008). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19028369 "Epstein–Barr virus in autoimmune diseases"]. ''Best Practice & Research. Clinical Rheumatology''. '''22''' (5): 883–96., [[PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19028369 19028369], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://www.bprclinrheum.com/article/S1521-6942(08)00104-6/fulltext 10.1016/j.berh.2008.09.007].</ref>。EBVと[[パーキンソン病]]をはじめとする[[神経変性疾患]]との関連性も指摘されている<ref name=":17" />。
 
日本においてはEBVは、人気声優の[[松来未祐]]が[[慢性活動性EBウイルス感染症]]によって死亡し、テレビ番組で取り上げられたことにより広く知られた<ref>[http://mainichi.jp/articles/20160203/k00/00e/040/136000c “人気声優の死 異常なしがEBV感染症…難病指定訴え”]. ''毎日新聞'' (毎日新聞). (2016年2月3日) 2016年5月15日閲覧.</ref><ref>{{Cite web|url=https://blog.excite.co.jp/matsukimiyu/|title=松来未祐日記|accessdate=2018-07-13|last=matsukimiyu|website=松来未祐日記|language=ja}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://www.ntv.co.jp/gyoten/backnumber/article/20170509_02.html|title=病名が分からない苦しみと闘った女性｜ザ！世界仰天ニュース|accessdate=2018-07-13|website=日本テレビ|language=ja-JP}}</ref>。
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このペンダーの仮説は、遺伝等の原因によってEBVに対する[[CD8]]+[[T細胞]]応答に何らかの不全が起き、EBVに感染した自己反応性の記憶B細胞が抗原提示細胞として働き、通常は禁止された自己抗原のT細胞認識が可能となり、自己免疫応答が生ずるというものである<ref name=":3" group="注釈" />。
 
最近では、[[大阪大学微生物病研究所]]/免疫学フロンティア研究センター・[[ハーバード大学]]の研究グループは2015年、EBVによる[[全身性エリテマトーデス]]・[[多発性硬化症]]などの自己免疫疾患発症のメカニズムを突き止め、その結果が[[米国科学アカデミー紀要]]（''Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America；PNAS''）のオンライン版に公開されている<ref name=":4" group="注釈" /><ref name=":85" group="注釈" /><ref name=":56" group="注釈" />。通常、胚中心[[B細胞]]（成熟段階にあるB細胞）の表面に、排除する抗原に合わないB細胞受容体や、自分の抗原に反応するB細胞受容体があれば、そのB細胞は[[アポトーシス]]により排除される。しかし、その胚中心B細胞がEBVに感染すると、EBVの潜伏感染Ⅲ型遺伝子のLMP-2AがB細胞受容体シグナルを模倣し、さらに[[形質細胞]]（抗体産生細胞）への分化を促進する因子（Zbtb20）が出現して、本来はアポトーシスにより排除されるべき自己反応性B細胞が生き残り（B細胞選択異常）、自己反応性受容体などの抗体を出し続ける形質細胞になる結果、自己免疫疾患が発症するということである<ref name=":4" group="注釈" />。
 
また同様に[[鳥取大学]]医学部医学科分子病理学分野の研究グループは2017年、EBVに感染した[[B細胞]]から自己免疫性甲状腺機能亢進症である[[バセドウ病]]の[[自己抗体]]である抗甲状腺刺激ホルモンレセプター抗体（TRAb）が産生されるメカニズムを突き止め、さらにバセドウ病を含めた自己免疫疾患全般の成立にEBVが関わることを示唆している<ref name=":9" /><ref name=":10" />。EBVに感染したB細胞は自己反応性か否かによらず、EBVの潜伏感染Ⅲ型遺伝子のLMP1によるT細胞非依存性のCD40共刺激シグナルの模倣による[[NF-κB]]の活性化で、[[活性化誘導シチジンデアミナーゼ]]（AID）の発現が促進されT細胞非依存性に[[クラススイッチ]]が可能となり、多クローン性にあらゆるアイソタイプの[[抗体]]の産生をし得る。EBVに感染したB細胞が自己反応性の抗体の可変部を持っていた時、自己抗体を産生し得るということである<ref name=":9" /><ref name=":10" />。
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EBVの潜伏感染遺伝子抗原のEBNA-1と[[全身性エリテマトーデス]]（systemic lupus erythematosus；SLE）の自己抗原とされているSmとの分子相同性（molecular mimicry）が明らかになっており、EBNA-1に対して作られた抗体が自己抗原のSmに交叉反応（クロスリアクション）し、SLEの自己抗体の抗Sm抗体となっていることも示唆されている<ref>Sabbatini A, Bombardieri S, Migliorini P (1993). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8386666 "Autoantibodies from patients with systemic lupus erythematosus bind a shared sequence of SmD and Epstein-Barr virus-encoded nuclear antigen EBNA I"]. ''European Journal of Immunology''. '''23''' (5): 1146-52., [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8386666 8386666], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/eji.1830230525 10.1002/eji.1830230525].</ref><ref>Incaprera M, Rindi L, Bazzichi A, Garzelli C (1998). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9631751 "Potential role of the Epstein-Barr virus in systemic lupus erythematosus autoimmunity"]. ''Clinical & Experimental Rheumatology''. '''16''' (3): 289-94., [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9631751 9631751].</ref><ref>Poole BD, Scofield RH, Harley JB, James JA (2006). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16455583 "Epstein-Barr virus and molecular mimicry in systemic lupus erythematosus"]. ''Autoimmunity''. '''39''' (1): 63-70., [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16455583 16455583], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/08916930500484849?journalCode=iaut20 10.1080/08916930500484849].</ref>。
 
さらに上述のように、[[大阪大学微生物病研究所]]/免疫学フロンティア研究センター・[[ハーバード大学]]の研究グループは2015年、EBVによる[[全身性エリテマトーデス]]含めた自己免疫疾患発症のメカニズムを突き止めている<ref name=":4" group="注釈" /><ref name=":85" group="注釈" /><ref name=":56" group="注釈" />。
 
=== 関節リウマチ ===
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[[多発性硬化症]]（multiple sclerosis；MS）は、血清中のEBV抗体価と発症リスクが強く相関しているとの報告が多い<ref name=":12">Ascherio A, Munger KL (2010). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20369303 "Epstein–Barr Virus Infection and Multiple Sclerosis: A Review"]. ''Journal of Neuroimmune Pharmacology''. '''5''' (3): 271-7., [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20369303 20369303], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11481-010-9201-3 10.1007/s11481-010-9201-3].</ref>。しかし、多発性硬化症患者の脳ないしは[[脳脊髄液]]（cerebrospinal fluid；CSF）といった[[中枢神経系]]（central nervous system；CNS）における直接のEBVの感染は稀であるという報告もあり<ref>Sargsyan SA, Shearer AJ, Ritchie AM, Burgoon MP, Anderson S, Hemmer B, Stadelmann C, Gattenlöhner S, Owens GP, Gilden D, Bennett JL (2010). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20220124 "Absence of Epstein-Barr virus in the brain and CSF of patients with multiple sclerosis"]. ''Neurology''. '''74''' (14): 1127-35., [[PMC (アーカイブ)|PMC]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2865779/ 2865779], [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20220124 20220124], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [http://n.neurology.org/content/74/14/1127 10.1212/WNL.0b013e3181d865a1].</ref><ref>Willis SN, Stadelmann C, Rodig SJ, Caron T, Gattenloehner S, Mallozzi SS, Roughan JE, Almendinger SE, Blewett MM, Brück W, Hafler DA, O'Connor KC (2009). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19638446 "Epstein-Barr virus infection is not a characteristic feature of multiple sclerosis brain"]. ''Brain''. '''132''' (Pt 12): 3318-28., [[PMC (アーカイブ)|PMC]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2792367/ 2792367], [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19638446 19638446], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://academic.oup.com/brain/article-abstract/132/12/3318/486531?redirectedFrom=fulltext 10.1093/brain/awp200].</ref><ref>Hilton DA, Love S, Fletcher A, Pringle JH (1994). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7520057 "Absence of Epstein-Barr virus RNA in multiple sclerosis as assessed by in situ hybridisation"]''. Journal of Neurology, Neurosurgery & Psychiatry''. '''57''' (8): 975-6., [[PMC (アーカイブ)|PMC]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1073085/ 1073085], [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7520057 7520057].</ref>、2011年時点では多発性硬化症とEBVの直接の関連については議論の的となっていた<ref>Lassmann H, Niedobitek G, Aloisi F, Middeldorp JM; NeuroproMiSe EBV Working Group (2011). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21846731 "Epstein-Barr virus in the multiple sclerosis brain: a controversial issue--report on a focused workshop held in the Centre for Brain Research of the Medical University of Vienna, Austria"]. ''Brain''. '''134''' (Pt 9): 2772-86., [[PMC (アーカイブ)|PMC]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3170536/ 3170536], [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21846731 21846731], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://academic.oup.com/brain/article/134/9/2772/419081 10.1093/brain/awr197].</ref>。
 
しかし上述のように、[[大阪大学微生物病研究所]]/免疫学フロンティア研究センター・[[ハーバード大学]]の研究グループは2015年、EBVによる多発性硬化症を含めた自己免疫疾患発症のメカニズムを突き止めている<ref name=":4" group="注釈" /><ref name=":85" group="注釈" /><ref name=":56" group="注釈" />。
 
また上述のペンダーの仮説は2018年現在でも検証段階であるが、実際に多発性硬化症の患者においてはEBVに対するT細胞応答の疲弊が起こっていること、またこの仮説により先ほどの様な[[中枢神経系]]における直接のEBVの感染は稀である、という様な現象を説明しうるということまで判明してきている<ref>Laurence M, Benito-León J (2017). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28755684 "Epstein-Barr virus and multiple sclerosis: Updating Pender's hypothesis"]. ''Multiple Sclerosis and Related Disorders''. '''16''': 8-14., [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28755684 28755684], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://www.msard-journal.com/article/S2211-0348(17)30118-9/fulltext 10.1016/j.msard.2017.05.009].</ref><ref>Pender MP, Csurhes PA, Burrows JM, Burrows SR (2017). [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28197337 "Defective T-cell control of Epstein-Barr virus infection in multiple sclerosis"]. ''Clinical & Translational Immunology''. '''6''' (1): e126., [[PMC (アーカイブ)|PMC]]: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5292561/ 292561], [[PubMed#PMID|PMID]] [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28197337 28197337], [[デジタルオブジェクト識別子|doi]]: [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1038/cti.2016.87 10.1038/cti.2016.87].</ref>。
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