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{{Main|ドメイン (分類学)}}
 
まず、分子系統解析(の一つである[[16S rRNA系統解析]])によって得られた大きな成果は、生物全体が[[ドメイン (分類学)|'''ドメイン''']]と呼ばれる3つの[[単系統群]]([[真正細菌]](Bacteria)、[[古細菌]](Archaea)、[[真核生物]](Eukaryota))に分類される事がわかったことである<ref name="Adl">{{cite|journal=J. Eukaryot. Microbiol.|volume=59|issue=5|year=2012|pages=429–493|title=The Revised Classification of Eukaryotes|first=Sina M.|last=Adl|first2=Alastair G. B.|last2=Simpson|last3=''et al.''|url=http://www.paru.cas.cz/docs/documents/93-Adl-JEM-2012.pdf}}</ref><ref>{{Cite book|ref=伊藤12|author=伊藤元己|editor=太田次郎、赤坂甲治、浅島 誠、長田敏行|title=植物の系統と進化|series=新・生命科学シリーズ|date=2012/5/1|year=|accessdate=|publisher=裳華房|isbn=978-4785358525|author2=|author3=|author4=|author5=|author6=|author7=|author8=|author9=}} p6</ref><ref>{{Cite book|author=Lisa A. Urry|title=キャンベル生物学 原書11版|date=2018/3/20|publisher=丸善出版|isbn=978-4621302767|page=655|translator=池内昌彦、伊藤元己、箸本春樹 、道上達男|author2=Michael L. Cain|author3=Steven A. Wasserman|author4=Peter V. Minorsky|author5=Jane B. Reece}}</ref><ref>{{Cite book|author=P. レーヴン|title=レーヴン ジョンソン 生物学〈下〉(原書第7版)|date=2007/5/1|publisher=培風館|page=518|author2=J. ロソス|author3=S. シンガー|author4=G. ジョンソン}}</ref><ref>{{Cite book|和書|ref=藤田(2010)|author=藤田敏彦|title=動物の系統分類と進化|series=新・生命科学シリーズ|date=2010/4/28|publisher=裳華房|isbn=978-4785358426|}}p91</ref>。これは、これまで「[[原核生物]]」と称されていた[[真核生物]]以外の生物群が実は[[真正細菌]]と[[古細菌]]という2種類の系統に分かれていた事を意味する。また[[後生動物|(後生)動物]]のような我々のよく知る[[多細胞生物]]はいずれも[[真核生物]]に属するが、[[単細胞生物]]は、[[真正細菌]]、[[真核生物]]、[[古細菌]]のいずれのドメインにも属する。
 
[[ファイル:Eocyte_hypothesis.png|代替文=|サムネイル|300x300ピクセル|真正細菌(青字)、真核生物(緑字)、古細菌(赤字)の関係。左は古細菌を単系統とする説(3ドメイン系統樹)、右はエオサイト説。エオサイト説に従えば、古細菌は真核生物を除いた側系統群であるということになる。]]
 
==== エオサイト説 ====
なお、真核生物は古細菌から進化したとする有力な仮説([[エオサイト説]])がある。この仮説を認めた場合、古細菌は[[側系統群]]で、真核生物と古細菌をあわせた全体が単系統群である事になる為、単系統群のみを分類群とする原則に従えば、3つのドメインにわけるよりも、「真核生物+古細菌」と「真正細菌」の2つに分けるほうが適切という事になる。しかし本稿では、2018年現在多くの学術書等で採用されている3ドメイン説を前提に話を進めるものとする。
 
=== 従来の分類との関係 ===
| rowspan="3" style="background-color: khaki;" |'''[[原生生物]]界'''
| rowspan="2" style="background-color: lightgrey;" |'''[[モネラ界]]'''
| style="background-color: lightgrey;" |'''[[細菌|真正細菌]]界'''
| style="background-color: lightgrey;" |'''[[真正細菌]]'''
|大腸菌、放線菌、藍色細菌
|細菌
|-
<!-- Protista -->
<!-- Monera -->
| style="background-color: #F3E0E0;" |'''[[古細菌]]界'''
| style="background-color: #F3E0E0;" |'''[[古細菌]](アーキア)'''
|[[メタン菌|メタン生成菌]]、[[好熱好酸菌]]
|-
| 真核生物
| 真核生物
| 細菌([[真正細菌]]
|[[古細菌]]
|-
|[[菌]]<br />[[:en:Fungi|Fungi]]
|[[動物]]<br />[[:en:Animal|Animals]]
|[[真正細菌]]、[[古細菌]]<br />[[:en:Bacteria|Bacteria]], [[:en:Archaea|Archaea]]
|-
|門
== 一般的分類例 ==
=== 原核生物 ===
==== 真正細菌(ドメイン:バクテリア) ====
 
*[[アシドバクテリア門]]
== 分子系統学的分類例 ==
[[ファイル:Phylogenetic Tree of Life-ja.png|450px|thumb|全生物を対象にした系統樹の1例。色は生物分類表に従っている]]
20世紀後半から勃興した、[[タンパク質]]の[[アミノ酸]]配列や[[核酸]]の[[塩基配列]]決定法の技術、そしてそのデータを用いて系統の類縁関係を推定する解析手法の進展に伴って、従来の生物系統分類法は大きな変革を迫られている。特に、これまで他のグループに所属させることができないために一括りに分類されていた、原生生物や藻類、一部の菌類につき系統が大幅に見直されつつある。学問上は二界説ないし五界説は既に瓦解したと言っても過言ではない。ここでは[[トーマス・キャバリエ=スミス|キャヴァリエ=スミス]] (Thomas Cavalier-Smith) らが中心となって提唱している分子系統学的分類の一例を示す(ただし現生生物のみ。原核生物はリンケらの説も参考)。従来の界、門、綱との整合性は今後の課題である。この分野は現在さらに進展しつつあるため、今後も大小の変更があり得る。
 
*[[真正細菌]] (Bacteria) エステル型脂質を持つ原核生物、[[ムレイン]][[細胞壁]]
**[[テルモトガ門]] (Thermotogae)
**[[アクウィフェクス門]] (Aquificae)
[[1937年]]、[[エドゥアール・シャットン|シャットン]] ({{lang|fr|E. Chatton}}) は、生物全体を[[原核生物]] {{sname|Prokaryota}} と[[真核生物]] {{sname|Eukaryota}} の2つの {{lang|fr|empire}} に分類した。
 
1990年、[[カール・ウーズ|ウーズ]]は、原核生物を[[真正細菌]](バクテリア)と[[古細菌]]アーキア)に分割し、また階級名をドメインとした。ウーズによれば、生物全体は、'''真核生物'''、'''真正細菌'''、'''古細菌'''に分かれる。
 
== 脚注 ==
4,833

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