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生息数に関する良い推計は無い。しかし、1970年代後半に行われた調査結果と、1999年から2000年にかけて行われた調査結果を比較すると、生息数も生息域も減少していることがわかる。多くの専門家は、生息数は数十年に渡って減少し続けており、現在の生息数は昔に比べるとわずかなものにすぎないだろうと考察している。
日本においては、スナメリは[[シロナガスクジラ]]、[[ホッキョククジラ]]等とともに、[[水産資源保護法]]施行規則（昭和二十七年六月十六日農林省令第四十四号）第一条に基づき保護され、特別の事由があり農林水産大臣の許可を得た場合を除き、採捕することは禁止されている。また、[[1930年]]に[[広島県]][[竹原市]]高崎町[[阿波島]]周辺の『スナメリクジラ回遊海面』が天然記念物指定された。これはスナメリを目印にスズキなどを釣る伝統漁法が行われていたことから指定されたものである。鯨類に関連する天然記念物の指定としては唯一のものであり、海洋哺乳類全般においても、他には[[ジュゴン]]が指定されているのみである。現在ではスナメリの減少の為に伝統漁法は行われていない。
綺麗な海でしか確認できないことから、[[東京湾]]<ref>http://www.yumekuzira.com/club.asp?div=tokyo</ref><ref>http://www.yumekuzira.com/club.asp?div=tokyo</ref>や[[周防灘]]、大村湾など閉鎖的海域の再生の目標とされている種である。なお、大阪湾においては南東部、[[関西国際空港]]周辺で生息が確認されている<ref>[http://www.kobe-np.co.jp/news/shakai/0003351103.shtml 神戸新聞｜社会｜大阪湾東部でスナメリ繁殖か 専門家が本格調査]</ref>。このほか、[[藤前干潟]]への定期的な出現も確認されており、現代日本において、鯨類が干潟域にまで進出するという意味では珍しい生態である<ref>{{cite web|publisher=NPO法人 藤前干潟を守る会|year=2014|title=イベント情報 : Ｇreen Ｇift プロジェクト 早春の生きもの観察 & クリーンアップ|url=http://fujimae.org/modules/news/article.php?storyid=284|accessdate=2015-10-27}}</ref><ref>{{cite web|publisher=NPO法人 藤前干潟を守る会|year=2012|title=スナメリを目撃！|url=http://higata.fujimae.org/?eid=345|accessdate=2015-10-27}}</ref>。
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