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「原子」という言葉が、その原義と矛盾する、物質の一つの構成単位に割り当てられたので、その後「(仮説的な)分割不可能な単位」という概念を指すために「[[素粒子]]」という言葉が新たに造語され用いられている。つまり、かつて「原子論」と呼ばれる分野で行われていた科学的な実験・推察・考察は、現在では「[[素粒子論]]」と呼ばれる分野において行われている。
 
冒頭定義文の2番目の意味での原子(=現代科学における、中間構成単位としての原子)は、先述のとおり[[元素|化学元素]]の最小単位であり、下部構造として[[原子核]]と[[電子]]が存在する。原子核と電子は[[電磁相互作用]]([[クーロンの法則|クーロン力]])によって結びつき、かつ[[量子条件]]に基づく一定の安定した運動エネルギーを持っている。また、原子核は更に[[陽子]]と[[中性子]]から構成され<ref>ただし[[軽水素]]の原子核は一つの陽子のみで構成され中性子を含まない。</ref>、その組み合わせに応じて現在約3000から約6000種類の原子の存在が知られている。ここで原子の[[化学]]的性質は、原子核の電荷(=[[陽子]]の数=中性な場合の[[電子]]の数)によってほぼ規程されることが経験的・[[量子力学|理論的]]に知られているため、陽子の数が等しいものは同じ元素を構成する原子として扱われており、20132018年現在、114118種類の元素(原子)の発見が国際的に認められている。
 
原子の[[原子半径|半径]]は[[1 E-10 m|10<sup>-8</sup>cm]]程度であり、[[質量]]は[[1_E-27_kg|10<sup>-24</sup>~10<sup>-22</sup>g]]程度である。地球上では原子は通常、複数の原子が[[化学結合]]によって結びついた[[分子]]や[[結晶]]として存在しているが、[[希ガス]]のように1個の原子が単独で存在している場合([[単原子分子]])もあり、宇宙空間のような[[真空]]に近い環境下では希ガス以外の原子も単独で存在している。