「RNA依存性RNAポリメラーゼ」の版間の差分

全てのRNAを鋳型とするRNAポリメラーゼは多くのDNAを鋳型とするポリメラーゼと同様に、fingers、palm、およびthumbと呼ばれる3つのサブドメインからなる右手構造に例えられる折りたたみを持つ<ref name="pmid9309225">{{cite journal | author = Hansen JL, Long AM, Schultz SC | title = Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus | journal = Structure | volume = 5 | issue = 8 | pages = 1109–22 |date=August 1997 | pmid = 9309225 | doi = 10.1016/S0969-2126(97)00261-X }}</ref>。ただし、これらのサブドメインの中でもポリメラーゼ酵素の間でよく保存されているのは、4つのアンチパラレルなβシートと2つのαシートによって構成されるpalmサブドメインのみである。 RNA依存性RNAポリメラーゼのpalmサブドメインは、3つのよく保存されたモチーフ（A、B、およびC）によって構成される。 モチーフA (D-x(4,5)-D) とC (GDD) は並列して配置している。この2つのモチーフが含むアスパラギン酸はMg2+やMn2+、あるいはその両者と結合するらしい。モチーフBのアスパラギンはヌクレオシド三リン酸を選択に関わる。すなわち、デオキシヌクレオシド三リン酸の代わりにヌクレオシド三リン酸を選択する。それ故にこのポリメラーゼはDNAではなくRNAを合成する<ref name="pmid10827187">{{cite journal | author = Gohara DW, Crotty S, Arnold JJ, Yoder JD, Andino R, Cameron CE | title = Poliovirus RNA-dependent RNA polymerase (3Dpol): structural, biochemical, and biological analysis of conserved structural motifs A and B | journal = J. Biol. Chem. | volume = 275 | issue = 33 | pages = 25523–32 |date=August 2000 | pmid = 10827187 | doi = 10.1074/jbc.M002671200 }}</ref>。ドメインの構成<ref name="pmid9878607">{{cite journal | author = O'Reilly EK, Kao CC | title = Analysis of RNA-dependent RNA polymerase structure and function as guided by known polymerase structures and computer predictions of secondary structure | journal = Virology | volume = 252 | issue = 2 | pages = 287–303 |date=December 1998 | pmid = 9878607 | doi = 10.1006/viro.1998.9463 }}</ref>と、活性中心の三次元構造は、全体的に配列の相同配列類似性が低いにも関わらずRNA依存性RNAポリメラーゼ間で広く保存されている。活性中心を構成するいくつかのモチーフは保存されたアミノ酸残基を多数含む。