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'''ヌクレアーゼ'''(Nuclease)は[[核酸]]分解[[酵素]]の総称。デオキシリボ核酸ないしリボ核酸の[[糖]]と[[リン酸]]の間のホスホジエステル結合を加水分解して[[ヌクレオチド]]とする。
 
[[リボ核酸|RNA]]を分解する[[リボヌクレアーゼ]]と[[デオキシリボ核酸|DNA]]を分解する[[デオキシリボヌクレアーゼ]]に分類できる他、両方を分解することができるヌクレアーゼも知られており、その役割も様々である。ウイルスが有するヌクレアーゼには宿主の核酸を分解して自らの核酸の原料とする役割をもつものがある。また、[[制限酵素]]もヌクレアーゼの一種であり、これは外来の核酸を分解してウイルスの感染、増殖を防ぐ役割があると考えられている。核酸が[[メチル化]]されているとヌクレアーゼは働かなくなるため、自分の核酸を無闇に分解しないようにこの酵素を有する細菌も多い。多細胞生物においては死滅した細胞の核酸を分解するためにヌクレーゼが生産されることがあるほか、特殊な例としては紫外線などの影響で二量化した[[チミジン]]をとりはずすためのヌクレアーゼが存在する。
 
分解の型式により、'''エンドヌクレアーゼ'''と'''エキソヌクレアーゼ'''という分類もできる。