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===魚類===
[[金魚]]や[[ニシキゴイ]]では古くから繁殖が行われている。金魚は中国で約1700年前に突然変異によって生まれた赤いフナ([[ヒブナ]])に端を発し、以後人間の手で繁殖が続けられ、様々な体形や色彩が組み合わさって数多くの品種が生まれている。ニシキゴイも、ヒブナの誕生と近い時代に中国では既に様々な色の個体が存在していたようであるが、本格的に繁殖が行われるようになったのは19世紀に新潟県で農民が普通より色の明るいコイを発見して育てた事がきっかけとされている。
[[金魚]]、[[グッピー]]、[[ディスカス]]や[[アピストグラマ]]など[[シクリッド]]類、[[メダカ]]など
 
また[[メダカ]]は古くから日本各地の池や小川に生息していた身近な魚であり、江戸時代には既に観賞魚として飼育されていた。特にオレンジ色の[[ヒメダカ]]は以前から観賞用として流通しているが、2000年代のはじめ頃からヒメダカ以外にも様々な改良品種が見られるようになった。特にヒカリメダカまたは幹之(みゆき)メダカと呼ばれる金属光沢を呈した品種の誕生は愛好家の間で大きな反響を呼び、改良メダカブームを起こすきっかけとなった。その結果、近年では専門店でないホームセンターなどでも多種多様な品種のメダカが販売されるようになった。
 
このほか熱帯魚では[[グッピー]]や[[サザンプラティフィッシュ|プラティ]]などの[[卵胎生]]メダカ([[カダヤシ目]]カダヤシ科など)、[[ベタ]]([[キノボリウオ亜目]])、[[ディスカス]]や[[エンゼルフィッシュ]]([[シクリッド]]科)などでしばしば繁殖や品種改良が行われる。これらの多くは稚魚の育成が比較的容易な点が共通しており、卵胎生メダカは卵を体内で孵化させて稚魚を成長させてから産み、シクリッドおよびベタは卵生であるが親が育児を行い子を守る習性を持つ。
 
また、先に挙げた熱帯魚の中でも、[[アピストグラマ]](シクリッド科)は繁殖は盛んであるものの品種改良はあまり好まれない傾向にある。これは小型魚であるためシクリッドの繁殖の特徴である育児が観察しやすいといった面や、同じ種でも個体差や産地による地域変異が多彩なため、親の特徴を後世に残すといった血統の維持や(個人レベルでの)種の保護への貢献といった目的意識などが強い。[[テトラ]]([[カラシン目]])や[[レインボーフィッシュ]]([[トウゴロウイワシ目]])などでも、商業的な大量繁殖が軌道に乗っていない種や、輸出規制や政治情勢といった諸事情で輸入の少ない珍種において、品種改良の伴わない繁殖が行われる事がある。これらは国産やヨーロッパ産の繁殖個体が少数で市場に流通している。
 
===昆虫===