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{{see also|稲作#日本への伝来}}
 
[[縄文時代]]前期の遺跡からは複数のイネ科植物の遺骸である[[プラント・オパール]]が出土している<ref name="sakumotsugakuyougojiten_p218"/>。本格的に稲作が始まった時期は地域によって差があり、最も早いのは九州西北部で[[弥生時代]]早期にあたる[[紀元前9世紀]]からとされ<ref name="sakumotsugakuyougojiten_p219"/>。ただし、初期の稲作は用水路などの栽培環境が整備された水田ではなく、自然地形を利用する形態で低湿地と隣接する微高地を利用していたとされている<ref name="nengai2012"/><ref>宇田津徹朗、湯陵華、王才林、鄭雲飛、佐々木章、柳沢一男、藤原宏志:{{PDFlink|[http://www.jssscp.org/files/backnumbers/vol43_4.pdf 中国・草畦山遺跡における占代水田趾調査(第3報)] 日本文化財科学会 学会誌『考古学と自然科学』ISSN 0288-5964 No.43 p.51-64}}</ref>。しかし、近年、[[縄文時代]]前期の遺跡から複数のイネ科植物の遺骸である[[プラント・オパール]]が出土している<ref name="sakumotsugakuyougojiten_p218"/>。稲のプラント・オパールは20~60ミクロンと小さいため、即座に発見地層の年代を栽培の時期とすることはできないが、鹿児島県の遺跡では12,000年前の薩摩火山灰の下層からイネのプラント・オパールが検出されており、これは稲作起源地と想定されている中国長江流域よりも古い年代となっている<ref>http://reposit.lib.kumamoto-u.ac.jp/bitstream/2298/2462/1/KJ00000697267.pdf</ref>。
 
水稲作の日本への伝来は[[縄文時代]]後期にあたる紀元前11世紀ごろであるという説もあるが<ref name="nihonsyokuhindaijiten_p9"/>、本格的な栽培が始まるのは[[近畿地方]]では[[紀元前2世紀]]ごろ、[[関東地方]]では[[2世紀]]ごろ、本州北端では[[12世紀]]ごろ<ref name="nihonsyokuhindaijiten_p9"/>、北海道では[[明治時代]]以降である<ref name="nihonsyokuhindaijiten_p9"/>。現在では[[亜寒帯]]([[亜寒帯湿潤気候]])に属する[[北海道]][[遠別町]]から[[熱帯]]([[熱帯雨林気候]])に属する[[沖縄県]][[西表島]]まで、広い地域で栽培されている。