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[[日中戦争]]激化に伴う[[戦時体制]]の強化に伴い、日本精神史（文学部）、東亜経済政策原論（経済学部）、航空学・燃料化学（工学部）などの[[国策]]に沿った講座が設けられた。[[太平洋戦争]]の開戦後、学生を軍隊風に編成する目的で「京都帝国大学報国隊」が結成される。
また、京大医学部出身の軍医である[[石井四郎]]は、[[満洲国]]の[[関東軍]]に[[731部隊]]を設立し、[[化学兵器]]や[[生物兵器]]の開発や、捕虜や罪人に対する[[人体実験]]などを行った。これに対し、石井の指導教員であった医学部教授の[[清野謙次]]は、京大医学部出身者を部隊の人材として送り込んでいる。
[[1943年]]、文系大学生の[[徴兵制度|徴兵]]猶予が停止され、学生が続々と戦場に赴いた。京都大学の[[学徒出陣]]壮行会では総長を先頭に[[平安神宮]]に参拝、必勝を祈願したという。▼
▲[[1943年]]、文系大学生の[[徴兵制度|徴兵]]猶予が停止され、学生が続々と戦場に赴いた。京都帝国大学の[[学徒出陣]]壮行会では、総長の[[羽田亨]]を先頭に[[平安神宮]]に参拝、必勝を祈願したという。
[[第二次世界大戦]]終結後、[[公職追放]]によって大学を[[免職]]になる教授が出る一方で、滝川事件で大学を去っていた瀧川幸辰らが大学に復帰した。1946年から女子の入学が認められた。創立五十周年に当たる[[1947年]]には大学名から「帝国」が削られて京都大学と改称。[[1949年]]には第三高等学校を統合して、[[新制大学]]となった。同年には、理学部教授[[湯川秀樹]]が日本人初の[[ノーベル賞]]に輝き、京都大学ではこれを記念して湯川記念館を設置。その後、湯川記念館は[[京都大学基礎物理学研究所|基礎物理学研究所]]に改組されている。
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