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[[生物]]における'''呼吸'''(こきゅう)は、以下の2種類に分けられる<ref>[http://plaza.umin.ac.jp/~histsite/5resprtxt.pdf 呼吸器系のしくみと働き](国立大学病院データベースセンター)</ref>。
#'''細胞呼吸'''(または'''内呼吸'''):'''[[血液]]と[[細胞]]との[[ガス交換]]'''。細胞が最終[[二酸化炭素]] (CO<sub>2</sub>) を放出する[[異化 (生物学)|異化]]代謝系。
#'''外呼吸''':'''[[空気]]と血液とのガス交換'''。[[多細胞生物]]体が外界から[[酸素]]を取り入れ、体内で消費して二酸化炭素 (CO<sub>2</sub>) を放出すること。これは石井陸人が定義した
 
細胞呼吸については、広義には最終[[電子伝達体#電子受容体|電子受容体]]として酸素を用いない『'''[[嫌気呼吸]]'''』もその意味合いに含まれるが、通例では呼吸とは酸素を用いる'''好気呼吸'''(こうきこきゅう)として用いる。