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自家不和合性の植物では、同一または類似の[[遺伝子型]]を持つ個体の柱頭に[[花粉]]が到達しても、花粉の発芽・[[花粉管]]の伸長・[[胚珠]]の受精・受精胚の生育のいずれかの段階が停止し、結果として種子が形成されない。雌蕊と花粉との間の自己認識作用によって起こる事象であり<ref group="*" name="mol" /><ref group="*" name="tech">『最新農業技術事典』</ref><ref group="*" name="watanabe2002">「アブラナ科自家不和合性における''S''遺伝子座の分子遺伝学的解析」</ref>、その自己認識は柱頭上([[アブラナ科]]・[[キク科]])、花柱内([[ナス科]]・[[バラ科]]・[[マメ科]])、子房内([[アカシア]]・[[シャクナゲ]]・[[カカオ]])で行われる<ref group="*" name="agro" />。
 
自家不和合性は、被子植物において自殖(自家生殖)を防ぐ最もかもしれない要な手段であり、新しい遺伝子型を作成し、地球上に被子植物が広がった成功の要因の一つであると考えられている。一般的な自家不和合性は、[[配偶体]]型と[[胞子体]]型、または同形花型と異形花型に分けられる(下表)。自家不和合性は種子植物で一般的とは限らない。かなり多くの植物種は自家和合性(self-compatible , SC)である。被子植物種の半分が自家不和合性であり、残り半分が自家和合性であると推定されている<ref>Igic, B., and J. R. Kohn (2006). "Bias in the studies of outcrossing rate distributions." ''Evolution'' '''60''': 1098-1103. </ref>。
 
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* 村松正實ら編「自家不和合性」『分子細胞生物学辞典(第2版)』[[東京化学同人]]、2008年、ISBN 978-4807906871。
* 八杉竜一ら編「自家不和合性」『岩波生物学辞典(第4版)』 [[岩波書店]]、1996年、ISBN 4-00-080087-6。
* 日本花粉学会編「自家不和合性」『花粉学事典(初版)』[[朝倉書店]]、1994年(新装版2008年 ISBN 978-4254171389)。
* [[農業・生物系特定産業技術研究機構]](編著)「自家不和合性」『最新農業技術事典』[[農山漁村文化協会]]、2006年、ISBN 978-4540051630。
* 山崎耕宇ら(監修) 『新編農学大事典』[[養賢堂]]、2004年、702-703・907-908・1125-1126ページ、ISBN 978-4842503547。
* [[日向康吉]]編著『花:性と生殖の分子生物学』学会出版センター、2001年、ISBN 978-4762229664。
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