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これまでに多くの分類学的研究が蓄積されているが<ref>{{cite journal|author= Lauder GV, Liem KF|title=The evolution and interrelationships of the actinopterygian fishes|journal=Bull Mus Comp Zool |year=1983 |volume=150|issue=|pages=95-197}}</ref><ref>{{cite journal|author= Springer VG, Johnson GD |title=Study of the dorsal gill-arch musculature of teleostome fishes, with special reference to the Actinopterygii |journal=Bull Bio Soc Wash |year=2004 |volume=11|issue=|pages=}}</ref><ref name=Cloutier2004>{{cite book|author= Cloutier R, Arratia G|title=Recent advances in the origin and early radiation of vertebrates |publisher=Verlag Dr. Friedrich Pfeil |location= München|year=2004}}</ref>、形態学的特徴の[[相同|相同性]]に関する知見はいまだ不充分で、条鰭綱の起源、および内部の系統関係は今後さらに見直しが進むものと考えられている<ref name=Nelson2006/>。
 
== 分類系統樹 ==
===脊椎動物から条鰭亜綱まで===
条鰭綱には分岐鰭亜綱・軟質亜綱・新鰭亜綱の3亜綱が置かれ、その下に44目453科4289属2万6891種の現生種が所属し、うち44%は[[淡水魚]]である<ref name=Nelson2006>『Fishes of the World Fourth Edition』 pp.87–88</ref>。[[分岐鰭亜綱]]・[[軟質亜綱]]は[[ポリプテルス]]・[[チョウザメ]]など一部の原始的な条鰭類からなり、新鰭亜綱には[[白亜紀]]以降に爆発的な[[種分化]]を遂げた大多数の硬骨魚類が含まれる。条鰭綱が[[単系統群]]であることは概ね受け入れられているが、ひとまとめのグループとして特徴づける[[形質]]は決して強固なものではない<ref name=Nelson2006/>。
 
脊椎動物から条鰭亜綱に至る系統樹は以下の通りである<ref>[[脊椎動物#キャンベル11版|キャンベル11版]] p.826.</ref><ref>[[#日本動物学会2018|日本動物学会2018]]</ref>:
条鰭綱は、(肉鰭綱+[[四肢動物]])の[[姉妹群]]であり、両者の特徴を兼ね備えた {{snamei||Psarolepis}} などの[[化石]]群が、[[共通祖先]]の候補と考えられている。条鰭綱に所属しながらも、内部での位置付けが不明（{{snamei|[[incertae sedis]]}}）な群として、白亜紀の {{snamei||Diplospondichthys}} などが知られる。
 
{{clade
|label1=[[脊椎動物]]|1=
{{clade
|1=[[ヌタウナギ]]類
|2=[[ヤツメウナギ]]類
|3=
{{clade
|label1=[[軟骨魚綱]]|1=
{{clade
|label1=[[真正板鰓亜綱]]|1=[[メジロザメ目]]、[[ガンギエイ目]]など
|label2=[[全頭亜綱]]|2=[[ギンザメ目]]
}}
|label2=[[硬骨魚綱]]|2=
{{clade
|label1=[[肉鰭亜綱]]|1=
{{clade
|label1=[[輻鰭下綱]]|1=[[シーラカンス目]]
|2=
{{clade
|label1=[[ハイギョ下綱]]|1=[[ハイギョ目]]
|label2=[[四肢動物下綱]]|2=[[四肢動物|四肢類]]
}}
}}
|2='''条鰭亜綱'''
}}
}}
}}
}}
===条鰭亜綱内の系統仮説===
 
2018年現在、条鰭亜綱の系統仮説は以下の通りである<ref>[[#日本動物学会2018|日本動物学会2018]]</ref>:
 
{{clade
|label1=条鰭亜綱|1=
{{clade
|label1=[[腕鰭下綱]]|1=[[ポリプテルス目]]
|2=
{{clade
|label1=[[軟質下綱]]|1=[[チョウザメ目]]
|label2=[[新鰭類]]|2=
{{clade
|label1=[[全骨下綱]]|1=
{{clade
|1=[[アミア目]]
|2=[[ガー目]]
}}
|label2=[[真骨下綱]]|2=
{{clade
|label1=[[カライワシ団]]|1=[[カライワシ目]]、[[ソコギス目]]、[[ウナギ目]]など
|2=
{{clade
|label1=[[アロワナ団]]|1=[[アロワナ目]]、[[ヒオドン目]]
|2=
{{clade
|label1=[[ニシン・骨鰾団]]|1=[[ニシン目]]、[[セキトリイワシ目]]、[[ネズミギス目]]、[[コイ目]]、[[ナマズ目]]など
|label2=[[正真骨団]]|2=[[原棘鰭上目]]、[[キュウリウオ上目]]、[[シャチブリ上目]]、[[円鱗上目]]、[[ハダカイワシ上目]]、[[アカマンボウ上目]]、[[側棘鰭上目]]、[[棘鰭上目]]
}}
}}
}}
}}
}}
}}
}}
 
== 伝統的な分類 ==
 
以下に現生種を含む分類群を、系統順位に沿って[[目 (分類学)|目]]の単位まで示す。各グループの詳細、内部に含まれる[[絶滅]]群については、それぞれの項目を参照のこと。
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