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=== 長編一覧 ===
ここでは同じ話が3話以上続くものを長編として扱う。長編の特徴として、最終話のEDが特殊エンディングに変更される場合がある。以下放送順。
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!篇名!!主な内容!!舞台!!原作!!アニメ!!特殊<br />ED
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|星海坊主篇<br/>||神楽を連れ戻しに来た神楽の父・星海坊主。<br/>そんな中、ターミナルに出現した[[エイリアン|巨大えいりあん]]から江戸を救う為、<br/>星海坊主は銀時と共に巨大えいりあんに立ち向かう。||ターミナル外部||第五十七-<br/>六十三訓<br/>（第7-8巻）||第40-42話<br/>（全3話）||無し<br/>
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|紅桜篇<br/>||妖刀「紅桜」を用いて幕府を転覆せんとする鬼兵隊一味。<br/>それを阻止すべく現れた銀時、仇討ちに来た桂派、桂を探しに来た新八・神楽が江戸の空で激突する。||鬼兵隊の艦船||第八十九-<br/>九十七訓<br/>（第11-12巻）||第58-61話<br/>（全4話） ||rowspan="5"|有り<br/>
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|芙蓉篇<br/>||科学者・林流山が製造した「[[からくり]]家政婦」が[[クーデター]]を起こす。<br/>流山が最初に創ったからくり「たま」の涙に応える為、万事屋・源外が立ち上がる。||ターミナル中枢||第百四十-<br/>百四十六訓<br/>（第17巻）||第69-71話<br/>（全3話）
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|柳生篇<br/>||許嫁を名乗る隻眼の剣士・柳生九兵衛にお妙が連れ去られた。<br/>彼女の涙を見過ごせる訳もなく、万事屋・真選組は柳生家へ道場破りに訪れる。||柳生家敷地内||第百十-<br/>百二十三訓<br/>（第13-15巻）||第76-81話<br/>（全6話）
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|真選組動乱篇<br/>||真選組参謀・伊東鴨太郎が鬼兵隊と手を組み、真選組を裏切る。<br/>その一方、土方は妖刀「村麻紗」の呪いでヘタレオタクの「トッシー」へと変貌してしまう。||真選組全体<br/>～武州行き列車||第百五十八-<br/>百六十八訓<br/>（第19-20巻）||第101-105話<br/>（全5話）
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|竜宮篇<br/>||竜宮城の主・乙姫にお妙が攫われた。<br/>その裏で乙姫の野望によって江戸は集団老人化してしまった。<br/>老人になった銀時達はお妙を、そして江戸を救えるのか。||竜宮城||第百七十四-<br/>百八十二訓<br/>（第20-21巻）||第115-118話<br/>（全4話）
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|モンハン篇<br/>||ゲーマー星人にキャトルミューティレーションされ身体を改造されてしまった銀時達。<br/>元の身体を取り戻す為にモンハンの世界へ潜り込みゲーマー星人を引きずり出すことになる。||ゲーム内||第百八十九-<br/>百九十二訓<br/>（第22巻）||第121-123話<br/>（全3話）||無し<br/>
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|スタンド温泉篇<br/>||霊が巣食う幽霊旅館へ来た銀時達。<br/>霊が見えるのは銀時・新八。<br/>銀時は選ばれた生身の人間として、幽霊「レイ」達のサポートでスタンド使い・お岩と激突する。||仙望郷||第百九十六-<br/>二百一訓<br/>（第23巻）||第131-134話<br/>（全4話）||rowspan="5"|有り<br/>
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|吉原炎上篇<br/>||吉原一の[[花魁]]・日輪を母に持つ少年・晴太。<br/>神楽の実兄・神威に攫われた彼を奪還し“夜王”鳳仙から日輪を解放するため、万事屋が立ち上がる。||地下都市吉原||第二百十-<br/>二百二十八訓<br/>（第25-26巻）||第139-146話<br/>（全8話）
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|トッシー篇<br/>||寺門通[[ファンクラブ|OFC]]の座を賭け、親衛隊（新八）VS通選組（トッシーこと土方）が激突する。||大江戸全域||第二百三十九-<br/>二百四十五訓<br/>（第28巻）||第157-163話<br/>（全7話）
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|たまクエ篇<br/>||電脳ウイルス「獏」によって[[ポリゴン]]化したたま。<br/>元に戻す為にたまの体内に入った万事屋一行は、そこで銀時にそっくりな白血球王と出会う。||たまの体内||第二百四十七-<br/>二百五十三訓<br/>（第29巻）||第167-170話<br/>（全4話）
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|地雷亜篇<br/>||月詠をかつての師・地雷亜が襲来。地雷亜は彼女から全てを奪わんと吉原に火を放つ。<br/>新八・神楽・全蔵達は吉原を守れるのか。一方銀時は月詠を奪還すべく地雷亜に挑む。||吉原桃源郷||第二百五十四-<br/>二百六十二訓<br/>（第29-30巻）||第177-181話<br/>（全5話）
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|ホウイチ篇<br/>||祟りで[[ネコ]]になった銀時・桂は、[[ゴリラ]]になった近藤共々、路頭に迷う羽目になった。<br/>そんな中でかぶき町のボス猫・ホウイチと出会い、彼と親交を持つようになる。<br/>しかし溝鼠組による野良猫狩りが横行し、ホウイチは捕らわれてしまう。<br/>波乱の中、溝鼠組に身を追われている野良猫達を救う為に奮闘する。||木天夢星大使館||第二百七十五-<br/>二百七十九訓<br/>（第32巻）|| 第190-192話<br/>（全3話）||無し<br/>
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|陰陽師篇<br/>||銀時憧れの女性・結野アナは、[[陰陽師]]のエリート集団「結野衆」の人間。<br/>彼女の占い天気予報が外れるのは結野衆の天敵・巳厘野衆の陰陽師による妨害が原因だった。<br/>万事屋は結野衆と手を組み、巳厘野衆と対決する。||結野衆本山||第二百八十二-<br/>二百八十九訓<br/>（第32-33巻）||第195-199話<br/>（全5話）||rowspan="7"|有り<br/>
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|かぶき町四天王篇<br/>||銀時の元へ突如弟子入りを志願してきたヤクザの元人斬り少女・椿平子。<br/>時を同じくして、かぶき町四天王達の間で本格的な軋轢が生じ始め、<br/>かぶき町に大抗争の危機が訪れる。||かぶき町||第二百九十七-<br/>三百九訓<br/>（第34-35巻）||第210-214話<br/>（全5話）
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|蓮蓬篇<br/>||「捜さないでください」<br/>エリザベスの部屋に残された書き置きを見つけた桂はエリザベスが失踪したのは一年前の事だと知る。<br/>一年前の記憶を探るとエリザベスは地球を侵略する為に来た蓮蓬という天人であった事を思い出す。<br/>地球を護る為に蓮蓬を地球に連れて来てしまった坂本・エリザベスの<br/>元恋人フミ子・万事屋達と共に蓮蓬へと乗り込む。||蓮蓬||第三百五十三-<br/>三百六十訓<br/>（第41巻）<br/>||第232-236話<br/>（全5話）
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|バラガキ篇<br/>||名門佐々木家の不肖の息子・鉄之助の教育を依頼され、彼を小姓に雇った土方。<br/>彼の性根を叩き直した一方で彼の兄で見廻組の隊長でもある異三郎と諍いを起こし、<br/>真選組と見廻組の間で本格的な対立が始まる。||廃ビル||第三百六十五-<br/>三百七十訓<br/>（第42巻）<br/>||第244-247話<br/>（全4話）
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|金魂篇<br/>||銀時が久しぶりに万事屋へ戻ると、銀時そっくりの男"坂田金時"がいた。<br/>金時は銀時の活躍を「全て自分自身がした事」にし、人々の記憶から銀時を抹消していた。<br/>銀時は洗脳を逃れていたたま・定春と共に主人公の座を取り戻そうと奮闘する。||かぶき町||第三百七十二-<br/>三百八十訓<br/>（第43巻）<br/>||第253-256話<br/>（全4話）
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|一国傾城篇<br/>||伝説の花魁鈴蘭が老いた今も待ち続ける客を探す銀時達は<br/>その客が先代将軍の定々という情報を掴み、江戸城へと乗り込む。||江戸城||第三百八十六-<br/>三百九十九訓<br/>（第44-45巻）<br/>||第257-261話<br/>（全5話）
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|恒道館篇<br/>||父の墓参りをするお妙のもとに天堂無心流のかつての塾頭・尾美一がやって来た。<br/>尾美一はターミナルの転送装置爆発事故で死んだと思われていたが、<br/>毘夷夢星にワープし半身を機械にする事で一命を取り留めた。<br/>しかし尾美一の身体には時限起動型星間波動ビーム砲が組み込まれており、<br/>毘夷夢星人が地球から銀河中に戦争をしかける為の道具にされていた。<br/>毘夷夢星人の兵器と化した尾美一を止めるため、一人銀時が行く。<br/>||かぶき町||第四百二-<br/>四百九訓<br/>（第46巻）<br/>||第262-264話<br/>（全3話）
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|性転換篇<br/>||ある日町で奇妙な占い師に呼び止められた九兵衛は、<br/>その占い師から「自分が男であるべきか女であるべきか迷っているのでは」と指摘される。<br/>九兵衛が答えられずにその場を立ち去ろうとすると<br/>突然空から一筋の光が放たれ、かぶき町の住人達の性別が逆転してしまう。<br/>そしてその占い師率いる過激宗教「デコボッコ教」の野望を打ち砕くため、<br/>九兵衛は同じく性別が逆転した万事屋・真選組と共に教団に立ち向かう。||かぶき町||第四百三十七-<br/>第四百四十一訓<br/>（第50巻）<br/>||第275-277話<br/>（全3話）||無し<br/>
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|死神篇<br/>||奇妙な辻斬り事件が相次ぐ夜、銀時の前に<br/>自らを「死神」と称する少女・池田朝右衛門が自らの切腹の介錯を依頼してきた。<br/>辻斬り事件の捜査をしていた真選組は同行してきた<br/>「公儀御試御用」の処刑人一族の当主・池田夜右衛門から、<br/>一連の事件の犯人が一族を裏切った朝右衛門である事を告げられる。<br/>更に夜右衛門と接触した万事屋は、先代夜右衛門が秘密裏に逃亡を手助けした<br/>罪人の中に銀時が含まれている事を知る。||江戸全域||第四百六十三-<br/>第四百六十九訓<br/>（第52-53巻）<br/>||第279-281話<br/>（全3話）||有り<br/>
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|魂入れ替わり篇<br/>||トラックに跳ねられた拍子に魂が入れ替わってしまった銀時・土方。<br/>元に戻る方法を探る為、お互いのフリをする事になるが、<br/>それぞれの影響を受けた万事屋・真選組は全く別の組織となってしまう。<br/>そんな中、魂が入れ替わった原因が源外のからくりだと判明する。||かぶき町全域||第四百七十-<br/>第四百七十六訓<br/>（第53巻）<br/>||第287-289話<br/>（全3話）|| 無し<br/>
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|将軍暗殺篇<br/>||殿中で将軍・徳川茂茂が一橋派に暗殺されそうになる事件が発生。<br/>これを受けて真選組・万事屋・再集合した御庭番衆が将軍を京まで護衛する事になるが、<br/>道中一橋派と結託していた鬼兵隊・春雨の襲撃を受けてしまう。||江戸周辺||第五百二-<br/>第五百二十四訓<br/>（第56-58巻）<br/>||第300-307話<br/>（全8話）||rowspan="3"|有り <br/>
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|さらば真選組篇<br/>||将軍・徳川茂々が暗殺された後、一橋喜々が将軍になり、<br/>警察庁長官松平・真選組局長近藤・桂が見廻組に逮捕された。<br/>彼らを救出するため、万事屋・真選組・桂一派攘夷志士が手を組んで戦う。||黒縄島||第五百二十五-<br/>第五百五十一訓<br/>（第59-61巻）<br/>||第308-316話<br/>（全9話）
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|烙陽決戦篇<br/>||真選組が江戸を去ったのち地下都市アキバに潜伏していた<br/>銀時らの元に信女が現れ、また子ら鬼兵隊の生き残りと対面させる。<br/>そこで神楽の父・星海坊主が自身の手で息子を始末すべく春雨側の第7師団掃討作戦に介入し、<br/>結果神威が行方不明になった事を知らされた神楽は休暇届を残し、単身万事屋を去ってしまう。<br/>銀時らは星海坊主の情報提供によって一連の状況を把握していた<br/>桂・坂本達と共に神楽を追うべく宇宙へ向かう。||捨てられた星・烙陽||第五百五十二-<br/>第五百九十五訓<br/>（第62-66巻）<br/>||第317-328話<br/>（全12話）
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|魔剣篇<br/>||魔剣マガナギから取り戻した鞘の鞘子と共に地球に逃げて来た<br/>エクスカリバー星人のクサナギは、地球上で鞘子と離れ離れになってしまった。<br/>クサナギのつがいにされた銀時達は鉄子と共に鞘子を探そうとするが、<br/>ひょんな事からマガナギを手に入れた沖田と決闘する事になる。||天下一私闘会会場||第四百二十四-<br/>第四百二十九訓<br/>（第48-49巻）<br/>||第334-336話<br/>（全3話）||rowspan="2"|無し<br/>
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|アイドル篇<br/>||ひょんな事から神楽は寺門通と期間限定ユニット「HDZ48」を組む事になる。<br/>しかしその矢先、銀河系最強アイドルグループ「GKB48」から挑戦状を申し込まれる。||大江戸ドーム||第四百四十五-<br/>第四百四十九訓<br/>（第50-51巻）<br/>||第337-339話<br/>（全3話）
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|銀ノ魂篇<br/>||虚の策略にはまり瓦解した天導衆。そしてアルタナ解放軍に占拠された地球。<br/>地球は絶体絶命の危機を迎えるが、それでもなお希望を捨てない者達がいた。<br/>アルタナ解放軍による支配、そして虚の星崩しに抗うための最後の戦いが始まる。||地球||第五百九十六-第七百四訓<br/>（第66-77巻）||第342-367話<br/>（全26話）||有り <br/>
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=== ジャンプアニメツアー / OAD ===
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