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本作のボスは、必ずしもダンジョンのボスの扉の先にいるとは限らない。
;封印されしもの
:フィローネ地方の封印の地に封印されていた巨大な魔物。全体を鱗のような物に覆われており、最初に対峙する際は二足の脚が生えただけの姿だが、対峙する度に腕や尻尾が生えたり、飛行するなどといったように度々変化していく。また、戦闘では神殿につく前に再封印を施さなければならず、神殿に封印されしものが着いてしまうと強制的にゲームオーバーとなる。
;魔族長 ギラヒム（まぞくちょう - ）
:魔物たちを率いている族長。卓越した剣技と魔法を使いって攻撃する。が、手で剣を受け止められた際は、しばらくすると剣を奪われてしまう。また、今後数回にわたり渡って対峙し、再戦する度に攻撃が多彩になっていく。
;獄炎大岩 ベラ・ダーマ（ごくえんたいがん - ）
:「大地の神殿」のボス。で、直前の部屋にあった仕掛けの大岩がギラヒムの呪いの魔力によって生まれり巨大なモンスターと化したもの。6本の足を持つに巨大な球状の魔物で姿をしており、全身が剣では破壊できないほどの固い岩に覆われている。また、炎をまと纏った状態での体当たりや、大きな口から火炎弾を吐き出して攻撃を仕掛けてくる。
;千年甲殻蟲 モルドガット（せんねんこうかくちゅう - ）
:「ラネール練石場」のボス。で、プチガットが1000年かけて成長した姿。巨大なサソリのような姿でをしており、全身が固い甲殻でおお覆われており、いる為に剣での攻撃を弾き返してしまう。また、はさみや尾っぽを使って攻撃する他、砂に隠れて奇襲を行ったりと狡猾な戦い方をする。
:後に中ボスとしても登場し、ボスとして登場したモンスターが中ボスとしても登場するのは『[[ゼルダの伝説 神々のトライフォース|神々のトライフォース]]』以来の事である。
;魔触神器 ダ・イルオーマ（ましょくしんき - ）
:「古の大石窟」のボスで、侵入者撃退を目的に作られた「古の大石窟」を守護する古代兵器がギラヒムの呪いの魔力により動き出したもの。リンクの攻撃をものともしない金属の体を持ち、六つの腕を使って斧や大剣で攻撃するが、ある程度ダメージを受けると二足歩行を行って攻撃してくる。
:リンクの攻撃をものともしない金属の体を持ち、六つの腕を使って斧や大剣で攻撃する。ある程度ダメージを受けると、二足歩行を行なって攻撃してくる。
;古代海獣 ダイダゴス（こだいかいじゅう - ）
:「砂上船」のボス。大きな蝕手で巨大な船を簡単に破壊するほど怪力を持つ。、巨大な一つ目の[[タコ]]と[[メデューサ]]を合体させたような魔物。別名の通り太古の海を支配していたという伝説がある。また、大きな蝕手で巨大な船を簡単に破壊するほど怪力を持ち、また頭部の無数の蝕手と柔らかくしなやかな大きな一対の[[触腕]]は剣で切断したとしても一定時間で再生する。
:ダンジョンのボスではあるが、戦闘はダンジョンのボスの扉の先ではなく、ボスの扉を開けた後、一旦ダンジョンの外に出てから行われる。頭部の無数の蝕手と柔らかくしなやかな大きな一対の[[触腕]]は剣で切断したとしても、一定時間で再生する。
;巨眼寄生種 パラスパラス（きょがんきせいしゅ - ）
:空の大精霊ナリシャに寄生している巨大な目を持つ魔物で。巨眼寄生種と呼ばれているだけあって、宿主の心と身体を意のままに操ることが出来る。また、口から吐く弾で攻撃する。が、目が弱点。唯一、雷龍ラネールの荒修行には登場しないである。
;終焉の者
:本作の[[ラスボス]]であり、。剣や拳を使用して攻撃する。が、ダメージが貯まると剣に雷を纏わせ、てスカイウォードのような中距離攻撃も行なう様になる。また、雷龍ラネールの荒修行では、辛口モードでのみ登場する。
== アイテム ==
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