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* [[1888年]](明治21年)[[11月]] 東京天文台を設置
* [[1890年]](明治23年)6月 [[東京農林学校]]を統合し、農科大学を設置
* [[1895年]](明治28年)[[4月]] [[東京大学大学院人文社会系研究科・文学部|文科大学]]に[[東京大学史料編纂所|史料編纂掛]]を設置
* [[1897年]](明治30年)6月 [[京都大学|京都帝国大学]]の設置に伴い「'''東京帝国大学'''」と改称
* [[1905年]](明治38年)[[8月]] [[七博士意見書|戸水事件]]起こる
* [[1908年]](明治41年)[[7月]] [[東京大学大学院法学政治学研究科・法学部|法科大学]]に経済学科を設置<ref>『日本教育史事典』 日外アソシエーツ、2011年、54頁</ref>
* [[1909年]](明治42年)[[6月]] 法科大学に商業学科を設置<ref>『日本教育史事典』 56頁</ref>
* [[1910年]](明治43年)[[4月]] [[東京大学大学院農学生命科学研究科|農科大学]]に水産学科を設置<ref>『日本教育史事典』 57頁</ref>
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Akamon ca. 1910.jpg|赤門(1910年頃撮影)
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==== 大正 ====
[[画像:Tokyo Imperial University after Great Kanto earthquake.JPG|thumb|[[1923年]]([[大正]]12年)の[[大正関東地震]]([[関東大震災]])で被災した東京帝国大学]]
* [[1914年]](大正3年)[[7月]] 法科大学の修業年限を4年から3年に短縮<ref>『日本教育史事典』 63頁</ref>
* [[1916年]](大正5年)[[4月]] 伝染病研究所を設置
* [[1918年]](大正7年)[[12月]] 弁論部学生により[[新人会]]結成([[1929年]]解散
** [[4月]] [[東京大学航空研究所|航空研究所]]を設置([[深川区]][[越中島]])
* [[1919年]](大正8年)[[2月]] 分科大学制を廃し学部を設置。経済学部を新設
** [[12月]] 弁論部学生により[[新人会]]結成([[1929年]]解散)
* [[1919年]](大正8年)
** [[1月]] [[森戸事件]]起こる
** [[1919年]](大正8年)[[2月]] 分科大学制を廃し学部を設置。経済学部を新設
* [[1920年]](大正9年)[[2月]] 女子聴講生の入学許可(9月入学)<ref>『日本教育史事典』 69頁</ref>
* [[1921年]](大正10年)
** [[4月]] 学年を4月1日から翌年3月31日までとする
** [[7月]] [[航空研究所]]を設置
* [[1923年]](大正12年)[[9月]] [[関東大震災]]により甚大な被害を受ける
* [[1925年]](大正14年)
** [[7月]] [[安田講堂]]落成
** [[9月]] [[東京大学運動会硬式野球部|野球部]]が[[東京六大学野球連盟]]に正式加盟
** [[11月13日]] [[東京大学地震研究所|地震研究所]]を設置
 
==== 昭和(旧制) ====
* [[1929年]](昭和4年)[[7月]] 史料編纂掛を[[東京大学史料編纂所|史料編纂所]]と改称
* [[1935年]](昭和10年)[[7月]] [[東京大学大学院農学生命科学研究科・農学部|農学部]]が[[第一高等学校 (旧制)|一高]]と用地を交換し、本郷に移転
* [[1939年]](昭和14年)[[1月]] [[平賀粛学]]により、経済学部が壊滅状態となる