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大型生物の体の表面や、体内に生活するものも多く知られる。それらの多くはその生物と何らかの関係を持って生活している。一部のものは、繁殖するとその生物の生活に悪影響を与えそのようなものは[[病原体]]と言われる。微生物の研究は病原体研究を元に発展したような面があり、そのため菌は危険なものとの認識もあるが、大型動物に寄生し、しかもその[[生態防御]]システムをかいくぐって侵入繁殖し、しかも有害な働きをなす、というのは極めて特別な能力を持った生物にのみ可能なことである。ただし表皮が傷ついた場合、体表の防御を通らずに体内に微生物が侵入するので、微生物が繁殖することは簡単である。いわゆる[[膿]]はその状態で体内の生体防御が働いている状況で生まれるものである。
実際には大型生物は微生物にまみれて生活し、普段は気がつかないままに互いに影響を与えあって生活している。腸内には[[腸内細菌]]、あるいは[[腸内微生物]]といわれる独特の生物群があり、それらは[[消化]]や[[健康]]とも深い関連を持っている。なお、これらの微生物には大型動物に利益をもたらす面も害をなす面もあるが、どちらが大きいのかについては不明である。出産時から人工的な管理下におき、一切の微生物を排除した動物（無菌マウスなど）を作ることが可能であるが、その場合、寿命が普通個体よりも長いので、総計すれば害の方が大きい、との説もある。
== 関連項目 ==
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