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* 『海路としての〈尖閣諸島〉──航海技術史上の洋上風景──』[[編集グループSURE]] 2013
* 『日本の科学 近代への道しるべ』[[藤原書店]] 2017
* 『ぼくの戦争』
* 『わたしはどんな学問をしてきたか』編集グループSURE 2018
=== 共著 ===
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* 『復元水運儀象台 十一世紀中国の天文観測時計塔』 土屋栄夫 新曜社 1997
* 『中国の医術を通して見えてきたもの──天文学から『夜鳴く鳥』へ』鶴見俊輔（[[編集グループSURE]]）
* 『ダンテは世界をどう描いたか ──新訳「[[神曲]]地獄篇」と、その解説』
=== 編著 ===
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* 『物のイメージ・本草と博物学のへの招待』朝日新聞社、1994
* 『東アジアの本草と博物学の世界』思文閣出版、1995
=== 共編著 ===
* 『人文学のアナトミー―現代日本における学問の可能性』[[阪上孝]]共編、岩波書店、1995
* 『歴史の中の病と医学』栗山茂久共編、思文閣出版、1997
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