「PLUMED」の版間の差分

'''PLUMED'''<ref>プルームド。</ref>（PLugin for MolEcular Dynamics）は、[[分子動力学]]シミュレーションのための拡張サンプリングアルゴリズム、様々な[[自由エネルギー摂動法|自由エネルギー手法]]、および解析ツールを実装するオープンソースライブラリである。ACEMD、[[AMBER]]、DL_POLY、[[GROMACS]]、[[LAMMPS]]、[[NAMD]]、[[OpenMM]]、ABIN、[[CP2K]]、i-PI、PINY-MD、および[[Quantum ESPRESSO]]と一緒に使うために設計されているが、解析および[[可視化]]ツールの[[Visual Molecular Dynamics|VMD]]、HTMD、OpenPathSamplingと一緒に使うこともできる<ref>{{Cite journal|last=Bonomi|first=Massimiliano|last2=Branduardi|first2=Davide|last3=Bussi|first3=Giovanni|last4=Camilloni|first4=Carlo|last5=Provasi|first5=Davide|last6=Raiteri|first6=Paolo|last7=Donadio|first7=Davide|last8=Marinelli|first8=Fabrizio|last9=Pietrucci|first9=Fabio|date=2009-10-01|title=PLUMED: A portable plugin for free-energy calculations with molecular dynamics|journal=Computer Physics Communications|volume=180|issue=10|pages=1961–1972|doi=10.1016/j.cpc.2009.05.011|issn=0010-4655|bibcode=2009CoPhC.180.1961B|arxiv=0902.0874}}</ref><ref>{{Cite journal|last=Tribello|first=Gareth A.|last2=Bonomi|first2=Massimiliano|last3=Branduardi|first3=Davide|last4=Camilloni|first4=Carlo|last5=Bussi|first5=Giovanni|date=2014-02-01|title=PLUMED 2: New feathers for an old bird|journal=Computer Physics Communications|volume=185|issue=2|pages=604–613|doi=10.1016/j.cpc.2013.09.018|issn=0010-4655|bibcode=2014CoPhC.185..604T|arxiv=1310.0980}}</ref>。