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[[ファイル:Acinonyx jubatus subspecies range.png|250px|thumb|right|upright|亜種別の分布域]]
ネコ科の他種と比べると遺伝的多様性に乏しく、[[ミトコンドリアDNA]]の分子系統解析から後期更新世の約10,000年前に一度絶滅寸前まで生息数が激減し、近親交配が進んだためと推定されている<ref name="iucn" />。一方で少なくとも野生下では疾患に対し抵抗力が弱い・繁殖力が低下しているといった傾向はみられていない(確認されている疾患は少なく、頻繁に繁殖を行う)<ref name="hunter" />。同時期に同属の化石種''Acinonyx intermedius''と''Acinonyx pardinensis''も絶滅したと推定されている<ref name="krausman_morales" />。タンザニア北部で前期更新世の地層から本種の化石が発見されている<ref name="krausman_morales" />。
アフリカチーター(''A. j. jubatus'')とアジアチーター(''A. j. venaticus'')の、2亜種のみを認める説もある<ref name="frame" /><ref name="hunter" />。以下の分類はKrausman & Morales, (2005)およびIUCN(2015)に従う<ref name="iucn" /><ref name="krausman_morales" />。
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