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=== 首相による会員の任命拒否、学術会議の存在意義に関する議論 ===
2020年（令和2年）10月1日、学術会議が推薦した新会員候補105人の内、6人を[[菅義偉]]首相が理由を明かさず任命拒否した。本件は社会的に注目され大きな議論の的となった{{R|朝日20201002}}。学術会議の独立性や学問の自由が損なわれるとの批判がある一方で{{R|毎日20201003}}、政府機関であるのだから理由さえ示せば会員の思想・意見の偏りを防ぐ為の任命拒否は妥当（[[橋下徹]]元大阪市長）といった意見<ref>“[https://www.j-cast.com/tv/2020/10/05395913.html?p=all 橋下徹「総理大臣が拒否するのは当たり前、ただ理由の説明は必要」、日本学術会議・任命拒否された立命大・松宮教授と激論に]”. ''テレビウォッチ''. J-castニュース. (2020年10月05日) 2020年10月6日閲覧。</ref>、そもそも年間10億円の税金が投入される学術会議に存在意義はあるのか、独立性を重要視するのであれば非政府組織で良いのではないか、といった様々な意見が見られた<ref>{{
同年10月5日、[[菅義偉]]首相は記者会見を行い、(1)学術会議は政府機関であり会員は公務員である、(2)（中曽根首相が拒否権はないと答弁した）1983年当時は学会推薦であったが、現在は個々の会員が推薦する形に変わっており会員が自分の後任を指名する事が可能である、(3)学術会議は従来よりそのあり方について議論されており、総合的、俯瞰的な活動が求められている、といった点から任命について法に基づき判断する必要があると述べた{{R|菅2020}}<!--一旦YouTube出典を補填。新聞記事への差し替えが望ましい。-->。
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