「AMBER (分子動力学)」の版間の差分

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編集の要約なし
(改名済み)
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AMBER力場の関数形式は以下の通りである<ref name="Cornell1995">{{cite journal |author=Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM Jr, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA |title=A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules |journal=J. Am. Chem. Soc. |volume=117 |pages=5179–5197 |year=1995 |doi=10.1021/ja00124a002}}</ref>。
 
:<math>\begin{align}
V(r^N) &= \sum_\text{bonds} k_b (l-l_0)^2 + \sum_\text{angles} k_a (\theta - \theta_0)^2</math> \\
<math>& \quad + \sum_\text{torsions} \sum_n \frac{1}{2} V_n [1+\cos(n \omega- \gamma)]</math> \\
<blockquote>
<math>& \quad +\sum_{j=1} ^{N-1} \sum_{i=j+1} ^N f_{ij}\biggl\{\epsilon_{ij}\biggl[\left(\frac{r_{0ij}}{r_{ij}} \right)^{12} - 2\left(\frac{r_{0ij}}{r_{ij}} \right)^{6} \biggr]+ \frac{q_iq_j}{4\pi \epsilon_0 r_{ij}}\biggr\}
<math>+ \sum_\text{torsions} \sum_n \frac{1}{2} V_n [1+\cos(n \omega- \gamma)]</math>
\end{align}</math>
<math>+\sum_{j=1} ^{N-1} \sum_{i=j+1} ^N f_{ij}\biggl\{\epsilon_{ij}\biggl[\left(\frac{r_{0ij}}{r_{ij}} \right)^{12} - 2\left(\frac{r_{0ij}}{r_{ij}} \right)^{6} \biggr]+ \frac{q_iq_j}{4\pi \epsilon_0 r_{ij}}\biggr\}
</math>
</blockquote>
 
力場という用語にもかかわらず、この式は系のポテンシャルエネルギーを定義する。力は位置に関するこのポテンシャルの導関数である。