「日本の哺乳類一覧」の版間の差分

'''日本の哺乳類一覧'''（にほんのほにゅうるいいちらん、''{{lang|en|list of mammals in Japan''}}）では、[[日本]]に生息する野生[[哺乳類]]について記す。

:* '''移'''：[[外来種|帰化・人為移入種]] /
** '''国内移入種'''：[[外来種|国内移入種]] /
** '''家'''：野生化した[[家畜]]種

:* '''海島'''：海洋<br/>島嶼部

:* '''固(種)'''：日本の[[固有種子島]]・固有亜種

; [[トガリネズミ|トガリネズミ科]] {{sname|Soricidae}}

* （チビトガリネズミ ''{{snamei|Sorex minutissimus''}} ）

** [[トウキョウトガリネズミ]]（亜種） ''{{snamei|S. m. hawkeri''}} 【北/{{絶滅危惧II類|image=none}}】 世界最小の哺乳類の1つ。

* [[ヒメトガリネズミ]]（カラフトヒメトガリネズミ） ''{{snamei|Sorex gracillimus''}} 【北】

* [[アズミトガリネズミ]] ''{{snamei|Sorex hosonoi''}} 【本/{{準絶滅危惧|image=none}}/'''固'''】

* （[[バイカルトガリネズミ]]（トガリネズミ） ''{{snamei|Sorex caecutiens''}} ）

** エゾトガリネズミ（亜種） ''{{snamei|S. c. saevus''}} 【北】

* （[[シントウトガリネズミ]] ''{{snamei|Sorex shinto''}}） 【'''固'''】 バイカルトガリネズミ ''{{snamei|S. caecutiens''}} の亜種とする説もある。

** ホンシュウトガリネズミ（亜種） ''{{snamei|S. s. shinto''}} 【本】

** シコクトガリネズミ（亜種） ''{{snamei|S. s. shikokensis''}} 【本/{{準絶滅危惧|image=none}}/'''固'''】

** サドトガリネズミ（亜種） ''{{snamei|S. s. sadonis''}} 【島(佐)/'''固'''】 独立種 ''{{snamei|S. sadonis''}} とする説もある。

* [[オオアシトガリネズミ]] ''{{snamei|Sorex unguiculatus''}} 【北】

* （[[ジャコウネズミ]] ''{{snamei|Suncus murinus''}} ）

** 【'''移'''】 ジャコウネズミ ''{{snamei|Suncus murinus''}} 【本】 長崎県・鹿児島県。15世紀以前の熱帯アジアからの移入種か。

** リュウキュウジャコウネズミ（亜種） ''{{snamei|S. m. temmincki''}} 【島(南)】

* [[カワネズミ]] ''{{snamei|Chimarrogale platycephala''}} 【本/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：九州地方/'''固'''】 大陸に広く分布する ''{{snamei|C. himalayica''}} と同種とする説もある。

* （[[ジネズミ]]（ニホンジネズミ） ''{{snamei|Crocidura dsinezumi''}} ほぼ【'''固'''】）

** サイゴクジネズミ（亜種） ''{{snamei|C. d. dsinezumi''}} 【本】

** ホンシュウジネズミ（亜種） ''{{snamei|C. d. chisai''}} 【本】

** タネジネズミ（亜種） ''{{snamei|C. d. intermedia''}} 【島(種)】

** オキノシマジネズミ（亜種） ''{{snamei|C. d. okinoshimae''}} 【島(西)】

** ヤク（シマ）ジネズミ（亜種） ''{{snamei|C. d. umbrina''}} 【島(屋)】

* [[コジネズミ]] ''{{snamei|Crocidura shantungensis''}}【島(対)/{{準絶滅危惧|image=none}}】 かつてはチョウセンコジネズミ''{{snamei|Crocidura suaveolens shantungensis''}} とされた。

* [[ワタセジネズミ]] ''{{snamei|Crocidura watasei''}} 【島(南)/{{準絶滅危惧|image=none}}/'''固'''】 かつてはオナガジネズミ ''{{snamei|C. horsfieldii''}} の亜種とされた（1998年版レッドリストでは ''{{snamei|C. h. watasei''}} で掲載）。

* [[オリイジネズミ]] ''{{snamei|Crocidura orii''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}/'''固'''】 [[奄美群島]]（奄美大島、加計呂麻島及び徳之島）の固有種。

; [[モグラ|モグラ科]] {{sname|Talpidae}}

* [[ヒミズ#近縁種|ヒメヒミズ]] ''{{snamei|Dymecodon pilirostris''}} 【本/'''固'''】

* [[ヒミズ]] ''{{snamei|Urotrichus talpoides''}} 【本・島(対)/'''固'''】

* [[ミズラモグラ]] ''{{snamei|Euroscaptor mizura''}} 【本/{{準絶滅危惧|image=none}}/'''固'''】

* [[アズマモグラ]] ''{{snamei|Mogera imaizumii''}} 【本・島(対・種・屋)/'''固'''】

* [[コウベモグラ]] ''{{snamei|Mogera wogura''}} 【本】

* （[[サドモグラ]] ''{{snamei|Mogera tokudae''}} 【本・島(佐)/'''固'''】 佐渡島と越後平野。）

** [[エチゴモグラ]]（亜種） ''{{snamei|M. t. etigo''}} 【本(新潟県)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}/'''固'''】 越後平野。''{{snamei|M. etigo''}} として独立種とする説もある（2007年版レッドリストでは'' {{snamei|M. etigo''}} で掲載）。

** サドモグラ（亜種） ''{{snamei|M. t. tokudae''}} 【島(佐)/{{準絶滅危惧|image=none}}/'''固'''】

* [[センカクモグラ]] ''{{snamei|M. uchidai''}} 【島(尖)/{{絶滅危惧IA類|image=none}}/'''固'''】 [[1976年]]採取、[[1991年]]新種認定。標本は[[魚釣島]]で捕獲された1体のみ。[[センカクモグラ属]]'' {{snamei|Nesoscaptor''}} に含める説もある。

; [[ハリネズミ|ハリネズミ科]] {{sname|Erinaceidae}}

* 【'''移'''】 [[アムールハリネズミ]] ''{{snamei|Erinaceus amurensis''}} 【本】 ペットに由来するものが神奈川県・静岡県など各地で野生化、定着。

; オオコウモリ科 {{sname|Pteropodidae}}

* （[[クビワオオコウモリ]] ''{{snamei|Pteropus dasymallus''}} ）

** エラブオオコウモリ（亜種） ''{{snamei|P.d.dasymallus''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IA類|image=none}}】 [[天然記念物]]。

** ダイトウオオコウモリ（亜種） ''{{snamei|P.d.daitoensis''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IA類|image=none}}/'''希少'''】 [[天然記念物]]。

** オリイオオコウモリ（亜種） ''{{snamei|P.d.inopinatus''}} 【島(南)】

** ヤエヤマオオコウモリ（亜種） ''{{snamei|P.d.yayeyamae''}} 【島(南)】

* [[オガサワラオオコウモリ]] ''{{snamei|Pteropus pselaphon''}} 【島(小)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}/'''固'''/'''希少'''】 [[天然記念物]]。

* [[オキナワオオコウモリ]] ''{{snamei|Pteropus loochoensis''}} 【島(沖)/{{絶滅|image=none}}/'''固'''】 19世紀に3-4頭の採取記録。

; キクガシラコウモリ科 {{sname|Rhinolophidae}}

* [[コキクガシラコウモリ]] ''{{snamei|Rhinolophus cornutus''}} 【北・本・島(対・南)】

** [[オリイコキクガシラコウモリ]]（亜種） ''{{snamei|R.c.orii''}} 【島(奄美大島)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}】

* オキナワコキクガシラコウモリ ''{{snamei|Rhinolophus pumilus''}} 【島(南)/'''固'''】

** [[オキナワコキクガシラコウモリ]]（亜種） ''{{snamei|R.p.pumilus''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}/'''固'''】

** [[ミヤココキクガシラコウモリ]]（亜種） ''{{snamei|R.p.miyakonis''}} 【島(宮古島)/{{絶滅|image=none}}/'''固'''】

* [[ヤエヤマコキクガシラコウモリ]] ''{{snamei|Rhinolophus perditus''}} 【島(先)/{{絶滅危惧II類|image=none}}/'''固'''】 石垣島・西表島。

* [[キクガシラコウモリ]] ''{{snamei|Rhinolophus ferrumequinum''}} 【北・本・島(対)】日本に分布するものをニホンキクガシラコウモリ ''{{snamei|R.f.nippon''}} という亜種とする場合もある。

; カグラコウモリ科 {{sname|Hipposideridae}}

* [[カグラコウモリ]] ''{{snamei|Hipposideros turpis''}} 【島(南)/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：与那国島、波照間島】 ほぼ固有種だが、タイ南部にも飛び地的に分布。

; ヒナコウモリ科 {{sname|Vespertilionidae}}

* （[[ヒメホオヒゲコウモリ]] ''{{snamei|Myotis ikonnikovi''}} 【北・本】）

** ヒメホオヒゲコウモリ（亜種） ''{{snamei|M.i.ikonnikovi''}} 【北】

** シナノホオヒゲコウモリ（亜種） ''{{snamei|M.i.hosonoi''}} 【本/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：紀伊半島、中国地方】

* [[ウスリホオヒゲコウモリ]] ''{{snamei|Myotis gracilis''}} 【北/{{絶滅危惧II類|image=none}}】 かつてはヨーロッパホオヒゲコウモリ ''{{snamei|Myotis mystacinus''}} の亜種 ''{{snamei|M. m. gracilis''}} とされた（2007年版レッドリストでは ''{{snamei|M. gracilis''}} として記載）。

* （[[カグヤコウモリ]] ''{{snamei|Myotis frater''}} ）

** カグヤコウモリ（亜種） ''{{snamei|M.f.kaguyae''}} 【北・本/'''固'''】

* [[モモジロコウモリ]] ''{{snamei|Myotis macrodactylus''}} 【北・本】

* （[[ドーベントンコウモリ]] ''{{snamei|Myotis daubentonii''}} ）

** ウスリドーベントンコウモリ（亜種） ''{{snamei|M.d.ussuriensis''}} 【北】

* [[クロホオヒゲコウモリ]] ''{{snamei|Myotis pruinosus''}} 【本/{{絶滅危惧II類|image=none}}/'''固'''】

* [[ヤンバルホオヒゲコウモリ]] ''{{snamei|Myotis yanbarensis''}} 【本/{{絶滅危惧IA類|image=none}}/'''固'''】 [[1997年]]発見、[[1998年]]新種認定。

* （[[ノレンコウモリ]]（タイリクノレンコウモリ） ''{{snamei|Myotis nattereri''}} ）

** ホンドノレンコウモリ（亜種） ''{{snamei|M.n.bombinus''}} 【北・本/{{絶滅危惧II類|image=none}}】

* [[クロアカコウモリ]] ''{{snamei|Myotis formosus''}} 【島(対)/{{絶滅危惧IA類|image=none}}/'''固'''】

* [[モリアブラコウモリ]] ''{{snamei|Pipistrellus endoi''}} 【本/{{絶滅危惧II類|image=none}}/'''固'''】

* [[オオアブラコウモリ]] ''{{snamei|Pipistrellus savii''}} 【北・本・島(対)/{{情報不足|image=none}}】 6例のみ。いずれも大陸からの迷行と思われる

* [[アブラコウモリ]]（イエコウモリ） ''{{snamei|Pipistrellus abramus''}} 【本・島(対・南)】 史前帰化動物。本種を日本固有種とし、アジア大陸に分布するものを ''{{snamei|P.javanicus''}} という別種とする説もある。

* [[オガサワラアブラコウモリ]] ''{{snamei|Pipistrellus sturdeei''}} 【島(小)/{{絶滅|image=none}}】 19世紀末に母島で採取された1例のみ。

* [[コヤマコウモリ]] ''{{snamei|Nyctalus furvus''}} 【本/{{絶滅危惧IB類|image=none}}】4例のみ。ヨーロッパヤマコウモリ ''{{snamei|Nyctalus noctura''}} と同一種とする場合もある。

* [[ヤマコウモリ]]（ニホンヤマコウモリ） ''{{snamei|Nyctalus aviator''}} 【北・本・島(対・南)/{{絶滅危惧II類|image=none}}】

* （[[ヒメホリカワコウモリ]] ''{{snamei|Eptesicus nilssonii''}} ）

** ヒメホリカワコウモリ（[[キタクビワコウモリ]]）（亜種） ''{{snamei|E.n.parvus''}} 【北】

* [[クビワコウモリ]] ''{{snamei|Eptesicus japonensis''}} 【本/{{絶滅危惧II類|image=none}}/'''固'''】

* [[ヒナコウモリ]] ''{{snamei|Vespertilio superans''}} 【北・本】

* [[ヒメヒナコウモリ]] ''{{snamei|Vespertilio murinus''}} 【[[礼文島]]/{{情報不足|image=none}}】日本では、2002年の北海道礼文島での1例があるのみ。大陸からの迷行と思われる。

* [[チチブコウモリ]] ''{{snamei|Barbastella leucomelas''}} 【北・本/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：本州、四国】

* [[ニホンウサギコウモリ]] ''{{snamei|Plecotus sacrimontis''}} 【北・本/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：近畿地方以西/'''固'''】 かつては[[ウサギコウモリ]] ''{{snamei|Plecotus auritus''}} の亜種 ''{{snamei|P.a.sacrimontis''}} とされた。

* [[リュウキュウユビナガコウモリ]]（コユビナガコウモリ） ''{{snamei|Miniopterus fuscus''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}】 かつては本州にも生息していたと考えられる。[[1933年]]、紀伊半島での記録あり。

* [[ユビナガコウモリ]] ''{{snamei|Miniopterus fuliginosus''}} 【本・島(対)】

* （[[コテングコウモリ]] ''{{snamei|Murina ussuriensis''}} ）

** ニホンコテングコウモリ（亜種） ''{{snamei|M.u.silvatica''}} 【北・本・島(対)】

* （[[テングコウモリ]] ''{{snamei|Murina leucogaster''}} ）

** ニホンテングコウモリ（亜種） ''{{snamei|M.l.hilgendorti''}} 【北・本】''{{snamei|M. hilgendorti''}} として独立種とする説もある（2007年版レッドリストでは'' {{snamei|M. hilgendorti''}} で掲載）。

* [[クチバテングコウモリ]] ''{{snamei|Murina tenebrosa''}} 【島(対)/{{情報不足|image=none}}/'''固'''】 [[1962年]]に対馬で発見、[[1970年]]新種記載。標本は1点のみ。

* [[リュウキュウテングコウモリ]] ''{{snamei|Murina ryukyuana''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}】 [[1997年]]発見、[[1998年]]新種認定。

; オヒキコウモリ科 {{sname|Molossidae}}

* [[オヒキコウモリ]] ''{{snamei|Tadarida insignis''}} 【北・本/{{絶滅危惧II類|image=none}}】 日本で最大の食虫性コウモリ。

* [[スミイロオヒキコウモリ]] ''{{snamei|Tadarida latouchei''}} 【島(奄美大島・口永良部島)/{{情報不足|image=none}}】 2例のみ。

; [[オナガザル科]] {{sname|Cercopithecidae}}

* [[ニホンザル]] ''{{snamei|Macaca fuscata''}} 【'''固'''】

** [[ホンドザル]]（亜種） ''{{snamei|M.f.fuscata''}} 【本/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：北奥羽・北上山系、金華山/'''固'''】 種子島には人為分布。[[下北半島]]の群れはサル類の世界北限。生息地5か所が[[天然記念物]]。

** [[ヤクシマザル]] （[[ヤクザル]]）（亜種） ''{{snamei|M.f.yakui''}} 【島(屋)/'''固'''】

* 【'''移'''】 [[タイワンザル]] ''{{snamei|Macaca cyclopis''}} 【本】 台湾原産。伊豆半島・和歌山県・青森県で野生化。ニホンザルと交雑。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

* 【'''移'''】 [[アカゲザル]] ''{{snamei|Macaca mulatta''}} 【本】 房総半島南部で野生化。ニホンザルと交雑。

; [[ヒト科]] {{sname|Hominidae}}

* [[ヒト]] （[[ホモ・サピエンス]]） ''[[:en:Homo sapiens{{snamei||Homo sapiens]]''}} 【ほぼ全国】 各地に広く分布。<!--ただし、本種は言わば“自己家畜化”による特殊な環境下に棲息する動物であり、厳密には、日本に分布する「野生動物」とは言えない。-->

; [[ナキウサギ科]] {{sname|Ochotonidae}}

* （[[キタナキウサギ]] ''{{snamei|Ochotona hyperborea''}}）

** [[エゾナキウサギ]]（亜種） ''{{snamei|O. h. yesoensis''}} 【北/{{準絶滅危惧|image=none}}】

; [[ウサギ科]] {{sname|Leporidae}}

* （[[ユキウサギ]] ''{{snamei|Lepus timidus''}} ）

** [[エゾユキウサギ]]（亜種） ''{{snamei|L. t. ainu''}} 【北】

* [[ニホンノウサギ]]（ノウサギ） ''{{snamei|Lepus brachyurus''}} 【本/'''固'''】）

** トウホクノウサギ（亜種） ''{{snamei|L. b. angustidens''}} 【本】

** キュウシュウノウサギ（亜種） ''{{snamei|L. b. brachyurus''}} 【本】

** サドノウサギ（亜種） ''{{snamei|L. b. lyoni''}} 【島(佐)/{{準絶滅危惧|image=none}}】 国内移入種のホンドテンにより激減。

** オキノウサギ（亜種） ''{{snamei|L. b. okiensis''}} 【島(隠)】

* 【'''家'''】 [[ウサギ|イエウサギ]]（カイウサギ） ''{{snamei|Oryctolagus cuniculus''}} 【北・本・島】 原種はヨーロッパ・アフリカに分布したアナウサギ。全国の小島で野生化、環境破壊で問題となる。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

* [[アマミノクロウサギ]] ''{{snamei|Pentalagus furnessi''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}/'''固'''/'''希少'''】 奄美大島・徳之島のみ。外来種のマングースに捕食される。[[天然記念物|特別天然記念物]]。

; [[リス|リス科]] {{sname|Sciuridae}}

* （クリハラリス ''{{snamei|Callosciurus erythraeus''}} ）

** 【'''移'''】 [[タイワンリス]]（亜種） ''{{snamei|C.e.thaiwanensis''}} 【本】 台湾南部原産。観光用に放され、神奈川県以西に定着。ニホンリスを圧迫。[[ツバキ]]等の食害も。

* （[[キタリス]] ''{{snamei|Scriurus vulgaris''}} ）

** [[エゾリス]]（亜種） ''{{snamei|S. v. orientis''}} 【北】

* [[ニホンリス]]（ホンドリス） ''{{snamei|Sciurus lis''}} 【本/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：中国地方、九州地方/'''固'''】 九州・中国地方では絶滅寸前。

* （[[シマリス]]（シベリアシマリス、アジアシマリス） ''{{snamei|Tamias sibiricus''}} ）

** [[エゾシマリス]]（亜種） ''{{snamei|T.s. lineatus''}} 【北/{{情報不足|image=none}}】

** 【'''移'''】 チョウセンシマリス（亜種） ''{{snamei|T.s. barberi''}} 【本・北】 ペットが各地で逸出・野生化。エゾシマリスと交雑の恐れ。

* （[[タイリクモモンガ]] ''{{snamei|Pteromys volans''}} ）

** [[エゾモモンガ]]（亜種） ''{{snamei|P. v. orii''}} 【北/'''固'''】

* [[ニホンモモンガ]]（ホンシュウモモンガ、ホンドモモンガ、モモンガ） ''{{snamei|Pteromys momonga''}} 【本/'''固'''】

* [[ムササビ]]（ホオジロムササビ） ''{{snamei|Petaurista leucogenys''}} 【本/'''固'''】

; [[ヤマネ科]] {{sname|Gliridae}}

* [[ヤマネ]]（ニホンヤマネ） ''{{snamei|Glirulus japonicus''}} 【本/'''固'''】 [[天然記念物]]。

; [[ネズミ科]] {{sname|Muridae}}

* （[[ヒメヤチネズミ]] ''{{snamei|Myodes rutilus''}} ）

** ミカドネズミ（亜種） ''{{snamei|M. r. mikado''}} 【北/'''固'''】

* （[[タイリクヤチネズミ]] ''{{snamei|Myodes rufocanus''}} ）

** [[エゾヤチネズミ]]（亜種） ''{{snamei|M. r. bedfordiae''}} 【北】

* [[ムクゲネズミ]] ''{{snamei|Myodes rex''}} 【北】

** ミヤマムクゲネズミ（亜種） ''{{snamei|M. r. montanus''}} 【北/{{準絶滅危惧|image=none}}/'''固'''】

** リシリムクゲネズミ（亜種） ''{{snamei|M. r. rex''}} 【島(利尻島・礼文島)/{{準絶滅危惧|image=none}}/'''固'''】

* [[ヤチネズミ]] ''{{snamei|Eothenomys andersoni''}} 【本/'''固'''】 3種に分ける説もある。

* [[スミスネズミ]] ''{{snamei|Eothenomys smithii''}} 【本/'''固'''】 かつては関東地方から新潟県以東のものを別種のカゲネズミ ''{{snamei|E.kageus''}} とした。

* [[ハタネズミ]]（ニホンハタネズミ） ''{{snamei|Microtus montebelli''}} 【本/'''固'''】

* 【'''移'''】 [[マスクラット]] ''{{snamei|Ondatra zibethicus''}} 【本】 北米原産。東京都・埼玉県。毛皮用に養殖されたものが野生化。

* [[アカネズミ]] ''{{snamei|Apodemus speciosus''}} 【北・本・島(対・屋・種・隱)/'''固'''】

* （[[ハントウアカネズミ]] ''{{snamei|Apodemus peninsulae''}} ）

** カラフトアカネズミ（亜種） ''{{snamei|A.p.giliacus''}} 【北】

* [[ヒメネズミ]] ''{{snamei|Apodemus argenteus''}} 【北・本・島(対・屋・種・佐・隠)/'''固'''】

* [[セスジネズミ]]（セスジアカネズミ） ''{{snamei|Apodemus agrarius''}} 【島(尖)/{{絶滅危惧IA類|image=none}}】 2例のみ。海外には広く分布。

* [[カヤネズミ]] ''{{snamei|Micromys minutus''}} 【本・島(対・隠)】 日本で最小のネズミ類。

* [[ハツカネズミ]] ''{{snamei|Mus musculus''}} 【ほぼ全国】 史前帰化動物。

* [[オキナワハツカネズミ]] ''{{snamei|Mus caroli''}} 【島(南)】

* [[オキナワトゲネズミ]] ''{{snamei|Tokudaia muenninki''}} 【島(沖)/{{絶滅危惧IA類|image=none}}/'''固'''】 沖縄島。本種とアマミトゲネズミ・トクノシマトゲネズミは、以前は一括してトゲネズミ（リュウキュウトゲネズミ）''{{snamei|Tokudaia osimensis''}} として扱われていたが、奄美大島・徳之島・沖縄島の個体群でそれぞれ[[染色体数]]などが異なることは、従来から知られていた。オキナワトゲネズミ（沖）・アマミトゲネズミ（奄・徳）の2亜種に分類されていたが、2001年に別種として扱うことが報告された。その後、2006年に徳之島産のアマミトゲネズミが新種として記載され、3種となる。移入種のマングース・ノネコにより圧迫。「[[トゲネズミ]]」として[[天然記念物]]。

* [[オキナワトゲネズミ#分類と近縁種|アマミトゲネズミ]] ''{{snamei|Tokudaia osimensis''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}/'''固'''】 奄美大島。移入種のマングース・ノネコにより圧迫。「トゲネズミ」として[[天然記念物]]。

* [[オキナワトゲネズミ#分類と近縁種|トクノシマトゲネズミ]] ''{{snamei|Tokudaia tokunoshimensis''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}/'''固'''】 徳之島。従来はアマミトゲネズミと区別されなかったが、2006年に新種記載（Endo and Tsuchiya, 2006）。「トゲネズミ」として[[天然記念物]]。

* [[クマネズミ]] ''{{snamei|Rattus rattus''}} 【ほぼ全国】 史前帰化動物。

* [[ドブネズミ]] ''{{snamei|Rattus norvegicus''}} 【ほぼ全国】 史前帰化動物。

* [[ナンヨウネズミ]] ''{{snamei|Rattus exulans''}} 【宮古島】 日本では宮古島の宮古港にのみ分布する、との報告があるが（Motokawa ''et al.'', 2001）、採集は1955年以前であり、現在の分布状況は不明。

* [[ケナガネズミ]] ''{{snamei|Diplothrix legata''}} 【島(南)/{{絶滅危惧IB類|image=none}}/'''固'''】 奄美大島・徳之島・沖縄島。日本最大のネズミ。移入種のマングース・ノネコにより圧迫。[[天然記念物]]。

; ヌートリア科 {{sname|Myocastoridae}} （かつては カプロミス科 {{sname|Capromyidae}} とされた）

* 【'''移'''】 [[ヌートリア]] ''{{snamei|Myocastor coypus''}} 【本】 中部以西。南米原産の毛皮獣が戦後野生化。農作物被害大。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

; [[クマ科]] {{sname|Ursidae}}

* （[[ヒグマ]] ''{{snamei|Ursus arctos''}} 【北】）

** [[エゾヒグマ]]（亜種） ''{{snamei|U. a. yesoensis''}} （[[ウスリーヒグマ]] ’’U{{snamei|U. a.lasiotus’’ lasiotus}} と同亜種とされることもある）【北/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：石狩西部、天塩・増毛地方】 日本最大の陸生哺乳類。

* （[[ツキノワグマ]]（ヒマラヤグマ、アジアクロクマ） ''{{snamei|Ursus thibetanus''}} または ''{{snamei|Selenarctos thibetanus''}} ）

** [[ニホンツキノワグマ]]（亜種） ''{{snamei|U. t. japonicus''}} （かつては ''{{snamei|Selenarctos thibetanus japonicus''}} とされることもあった）【本/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：下北半島、紀伊半島、東中国地域、西中国地域、四国山地】 四国・九州では絶滅または絶滅寸前。

* [[ホッキョクグマ]] ''{{snamei|Ursus maritimus''}} 【北・本】 北海道、新潟県で各1例があり、北極圏から漂流したものと思われるが、後者はツキノワグマ（アルビノ）の誤記載の疑いあり。

; [[アライグマ科]] {{sname|Procyonidae}}

* 【'''移'''】 [[アライグマ]] ''{{snamei|Procyon lotor''}} 【北・本】 北米原産。[[1962年]]以来、ペットが各地で野生化。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

; [[イヌ科]] {{sname|Canidae}}

* （[[タヌキ]] ''{{snamei|Nyctereutes procyonoides''}} ）

** [[ホンドタヌキ]]（亜種）【屋久島では'''国内移入種'''】''{{snamei|N. p. viverrinus''}} 【本・島(佐)】 隠岐諸島には人為分布。山口県向島タヌキ生息地は[[天然記念物]]。

** [[エゾタヌキ]]（亜種） ''{{snamei|N. p. albus''}} 【北】 奥尻島には人為分布。

* （[[キツネ]]（アカキツネ、[[アカギツネ]]） ''{{snamei|Vulpes vulpes''}} ）

** ホンドキツネ（[[ホンドギツネ]]）（亜種） ''{{snamei|V. v. japonica''}} 【本】 房総半島には人為分布。

** [[キタキツネ]]（亜種） ''{{snamei|V. v. schrencki''}} 【北】

** 【'''移'''】[[ギンギツネ]] ''{{snamei|V. v. fulva''}} 【北】 シベリアやアラスカのキツネで、黒い体毛の血統。毛皮獣だが、野生化したものがキタキツネと交雑している可能性がある。

* （[[オオカミ]]（ハイイロオオカミ） ''{{snamei|Canis lupus''}} ）

** [[エゾオオカミ]]（亜種） ''{{snamei|C. l. hattai''}} 【北/{{絶滅|image=none}}】 最後の記録は[[1896年]]。

** [[ニホンオオカミ]]（亜種） ''{{snamei|C. l. hodophilax''}} 【本/{{絶滅|image=none}}】 [[1905年]]奈良県もしくは[[1910年]]福井県での捕獲が最後。

** 【'''家'''】 [[イエイヌ]]（亜種）（[[野犬|ノイヌ]]） ''{{snamei|C. l. familiaris''}} 【北・本・島】 離島などで固有種を圧迫。

; [[イタチ科]] {{sname|Mustelidae}}

* （[[テン]] ''{{snamei|Martes memlampus''}} ）

** [[ホンドテン]]（ニホンテン）（亜種）【北海道・佐渡島では'''国内移入種'''】 ''{{snamei|M. m. memlampus''}} 【北・本・島(佐)】 サドノウサギを激減させた。

** [[ツシマテン]]（亜種） ''{{snamei|M. m. tsuensis''}} 【島(対)/{{準絶滅危惧|image=none}}】 [[天然記念物]]。

* （[[クロテン]] ''{{snamei|Martes zibellina''}} ）

** [[エゾクロテン]]（亜種） ''{{snamei|M. z. brachyura''}} 【北/{{準絶滅危惧|image=none}}】

* [[ニホンイタチ]]（[[イタチ]]）【北海道・南西諸島などでは'''国内移入種'''】 ''{{snamei|Mustela itatsi''}} 【北・本・島(南)/'''固'''】 三宅島などで在来動物を圧迫。シベリアイタチの亜種とする説もある。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

** コイタチ（亜種） ''{{snamei|M. i. sho''}} 【島(屋)】

* （シベリアイタチ（タイリクイタチ） ''{{snamei|Mustela sibirica''}} ）

** [[チョウセンイタチ]]【対馬以外では'''移'''】 ''{{snamei|M. s. coreana''}} 【本・島(対)/{{準絶滅危惧|image=none}}】 西日本から分布を広げつつあり、ニホンイタチを圧迫。亜種に分けない説もある。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

* （[[イイズナ]] ''{{snamei|Mustela nivalis''}} ）

** [[キタイイズナ]]（亜種） ''{{snamei|M. n. nivalis''}} 【北】 大陸に分布するものと同じ亜種。

** [[ニホンイイズナ]]（亜種） ''{{snamei|M. n. namiyei''}} 【本/{{準絶滅危惧|image=none}}/'''固'''】

* （[[オコジョ]] ''{{snamei|Mustela erminea''}} ）【高山帯】

** [[エゾオコジョ]]（亜種） ''{{snamei|M. e. orientalis''}} 【北/{{準絶滅危惧|image=none}}】 平地では移入種のニホンイタチ・ミンクの圧迫により姿を消す。

** [[ホンドオコジョ]]（亜種） ''{{snamei|M. e. nippon''}} 【本/{{準絶滅危惧|image=none}}/'''固'''】

* 【'''移'''】 アメリカミンク（[[ミンク]]） ''{{snamei|Mustela vison''}} 【北】 北米原産。1960年代から。平地でエゾオコジョ・ニホンイタチを圧迫。養魚場等にも被害。

* 【'''移'''】 [[フェレット]] ''{{snamei|Mustela furo''}} 原種はヨーロッパケナガイタチ。

* [[ニホンアナグマ]] ''{{snamei|Meles anakuma''}}

* （[[カワウソ]]（[[ユーラシアカワウソ]]） ''{{snamei|Lutra lutra''}}）

** [[ニホンカワウソ]]（亜種） ''{{snamei|L.l.nippon''}} 【本/{{絶滅|image=none}}】 [[1983年]]高知県の死体発見が最後。[[天然記念物|特別天然記念物]]。2012年[[絶滅種]]に指定。

** [[ニホンカワウソ]]（亜種） ''{{snamei|L.l.whiteleyi''}} 【北/{{絶滅|image=none}}】 2012年[[絶滅種]]に指定。

* [[ラッコ]] ''{{snamei|Enhydra lutris''}} 【海/{{絶滅危惧IA類|image=none}}】 北海道東部沿岸で一旦絶滅。近年、千島列島のものが冬期に知床・根室周辺に出現。

; [[ジャコウネコ科]] {{sname|Viverridae}}

* 【'''移'''】 [[ハクビシン]] ''{{snamei|Paguma larvata''}} 【北(奥尻島)・本】 かつては在来種であるとの説もあった。

; [[マングース科]] {{sname|Herpestidae}}

* 【'''移'''】 [[フイリマングース]] ''{{snamei|Herpestes auropunctatus''}} 【島(南)】 ハブ駆除のため沖縄島（[[1910年]]）などで放された。

; [[ネコ科]] {{sname|Felidae}}

* （[[ベンガルヤマネコ]] ''{{snamei|Prionailurus bengalensis''}}）

** [[イリオモテヤマネコ]]（亜種） ''{{snamei|P. b. iriomotensis''}} 【島(西)/{{絶滅危惧IA類|image=none}}/'''固'''/'''希少'''】 [[1967年]]新種記載。100頭前後か。[[天然記念物|特別天然記念物]]。かつては独立種とされることもあったが、現在はベンガルヤマネコの亜種とされる。

** （[[マンシュウヤマネコ]]（亜種） ''{{snamei|P. b. manchurica''}}）

*** [[ツシマヤマネコ]]（変種） ''{{snamei|P. b. manchurica euptilura''}} 【島(対){{絶滅危惧IA類|image=none}}/'''希少'''】 100頭前後か。[[天然記念物]]。かつては独立種とされることもあったが、現在はマンシュウヤマネコ ''{{snamei|P. b. manchurica''}} ないしアムールヤマネコ ''{{snamei|P. b. euptailurus''}} の[[変種]]とされる。

* （[[ヤマネコ]] ''{{snamei|Felis silvestris''}} ）

** 【'''家'''】 [[イエネコ]]（亜種）（[[ノネコ]]） ''{{snamei|F. s. catus''}} 【北・本・島(南)】 南西諸島などで固有種を含む多くの在来小動物を捕食、ヤマネコ類への病気伝播も。

; [[アシカ科]] {{sname|Otariidae}}

* （[[アシカ]]（カリフォルニアアシカ） ''{{snamei|Zalophus californianus''}} ）

** [[ニホンアシカ]]（亜種） ''{{snamei|Z. c. japonicus''}} 【海(竹)/{{絶滅危惧IA類|image=none}}】 すでに絶滅している可能性が高い。

* [[トド]] ''{{snamei|Eumetopias jubatus''}} 【海/{{準絶滅危惧|image=none}}】 10-5月に北海道沿岸に回遊。

* [[オットセイ]]（キタオットセイ） ''{{snamei|Callorhinus ursinus''}} 【海】 冬から春に、銚子沖に至る近海沖合いに回遊。

; セイウチ科 {{sname|Odobenidae}}

* [[セイウチ]] ''{{snamei|Odobenus rosmarus''}} 【海】 北極海周辺から、ごくまれに北海道・青森県に迷行。

; [[アザラシ科]] {{sname|Phocidae}}

* [[ゴマフアザラシ]] ''{{snamei|Phoca largha''}} 【海】 冬に北海道東部周辺に南下。

* [[ゼニガタアザラシ]] ''{{snamei|Phoca vitulina''}} 【海/{{絶滅危惧II類|image=none}}】 日本で繁殖する唯一のアザラシ類。北海道東岸を中心に生息。

* [[ワモンアザラシ]] ''{{snamei|Phoca hispida''}} 【海】 冬に少数が北海道東部周辺に南下。

* [[クラカケアザラシ]] ''{{snamei|Histriophoca fasciata''}} 【海】 冬に北海道東部周辺に南下。

* [[アゴヒゲアザラシ]] ''{{snamei|Erignathus barbatus''}} 【海】 北極圏から稀に迷行。[[2002年]]「[[タマちゃん]]」が話題に。

* [[キタゾウアザラシ]] ''{{snamei|Mirounga abgstirostris''}} 【海】北米西岸から稀に迷行。明確な記録は[[1989年]]に[[伊豆諸島]][[新島]]に衰弱した[[雄]]（保護され、[[1996年]]まで[[鴨川シーワールド]]で飼育された）と[[2001年]]に[[館山市]][[波左間]]で確認され、日本海側では2017年に山形県沿岸に漂着し[[加茂水族館]]で飼育されている雌<ref>{{cite web | author = Kahoku Shimpō | title = Goron kinta elephant seal on the beach protected for the first time on the Japan Sea side | url = http://sp.kahoku.co.jp/tohokunews/201711/20171103_53003.html | year = 2017 | language = Japanese | author-link = Kahoku Shimpō | access-date = 3 November 2017 | archive-url = https://web.archive.org/web/20180817225601/https://sp.kahoku.co.jp/tohokunews/201711/20171103_53003.html | archive-date = 17 August 2018 | url-status = dead }}</ref>のみ。

; [[ウマ科]] {{sname|Equidae}}

* 【'''家'''】 [[ウマ]]（ノウマ） ''{{snamei|Equus caballus''}} 【本・島】 [[宮崎県]][[串間市]]の[[都井岬]]と北海道[[根室]][[支庁]]の[[ユルリ島]]の2か所に、野生化したウマ（ノウマ）が棲息。前者は[[御崎馬|ミサキウマ]]（御崎馬）と呼ばれる。ミサキウマおよびその繁殖地は[[天然記念物]]。

; [[イノシシ科]] {{sname|Suidae}}

* （[[イノシシ]] ''{{snamei|Sus scrofa''}} ）

** ニホンイノシシ（亜種） ''{{snamei|S. s. leucomystax''}} 【本/'''固'''】 亜種ではなく1種を立てるべきとの議論もある。

** [[リュウキュウイノシシ]]（亜種） ''{{snamei|S. s. riukiuanus''}} 【島(南)/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：徳之島/'''固'''】 亜種ではなく1種を立てるべきとの議論もある。

** 【'''家'''】 [[ブタ]] ''{{snamei|Sus scrofa''}} 【北・本・島(小)】 離島で野生化。また、イノシシとの雑種であるイノブタが各地でニホンイノシシと交雑。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

; [[シカ科]] {{sname|Cervidae}}

* （[[ニホンジカ]] ''{{snamei|Cervus nippon''}} ）

** [[エゾシカ]]（エゾジカ）（亜種） ''{{snamei|C. n. yesoensis''}} 【北/'''固'''】

** ホンシュウジカ（亜種） ''{{snamei|C. n. centralis''}} 【本/'''固'''】 奈良（奈良県奈良市一円）のシカは[[天然記念物]]。

** キュウシュウジカ（亜種） ''{{snamei|C. n. nippon''}} 【本/'''固'''】

** [[ケラマジカ]]（亜種） ''{{snamei|C. n. keramae''}} 【島(慶)/'''固'''/'''国内移入種'''】 1600年代に[[薩摩国|薩摩]]（[[鹿児島県]]）から移入されたキュウシュウジカが島嶼の環境に適応して特異化したものとされる。農林資源への食害あり。個体数が少なく絶滅が危惧されるが、（国内）移入種としての側面を併せ持つためか、環境省レッドリストには記載がない。なお、IUCNレッドリストではCR（絶滅寸前）、日本哺乳類学会のレッドリスト（1997年）では危急亜種。ケラマジカおよびその生息地は[[天然記念物]]。

** ツシマジカ（亜種） ''{{snamei|C. n. pulchellus''}} 【島(対)/'''固'''】 独立種とする説もある。

** [[ヤクシカ]]（ヤクジカ、ヤクシマシカ）（亜種） ''{{snamei|C. n. yakushimae''}} 【島(屋)/'''固'''】

** マゲジカ（マゲシカ、マゲシマジカ）（亜種） ''{{snamei|C. n. mageshimae''}} 【島(馬)/'''固'''】 環境省第4次レッドリストでは「馬毛島のニホンジカ」として{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}に記載。

** 【'''移'''】 タイワンジカ（亜種） ''{{snamei|C. n. taiouanus''}} 【本】 観光用に放され和歌山県[[友ヶ島]]などで野生化。本土に渡れば在来亜種と交雑の恐れあり。

* 【'''移'''】 [[キョン]] ''{{snamei|Muntiacus reevesi''}} 【本】 [[1980年]]ごろ、房総半島で野生化。

; [[ウシ科]] {{sname|Bovidae}}

* [[ニホンカモシカ]]（[[カモシカ]]） ''{{snamei|Capricornis crispus''}} 【本/{{絶滅のおそれのある地域個体群|image=none}}：九州地方/'''固'''】 中国地方では絶滅、九州でも希少。[[天然記念物|特別天然記念物]]。笠堀（新潟県）のカモシカ生息地は[[天然記念物]]。

* 【'''家'''】 [[ヤギ]]（ノヤギ） ''{{snamei|Capra hircus''}} 【島(小・尖)】 八丈小島・三宅島でも野生化。離島での環境被害甚大。「日本の侵略的外来種ワースト100」に選定。

* 【'''家'''】 [[ウシ]]（ノウシ） ''{{snamei|Bos taurus''}} 【島(南)】 [[1918年]] - [[1919年]]に[[トカラ列島]]の[[諏訪之瀬島]]から導入された日本在来牛が、同列島の[[口之島]]で野生化。[[口之島牛]]またはトカラ牛と呼ばれる。

; ナガスクジラ科 [[:en:Balaenopteridae{{sname|||Balaenopteridae]]}}

* [[シロナガスクジラ]] ''{{snamei|Balaenoptera musculus''}} 【海】 現生の動物中で最大。太平洋を回遊中に近海を通過するが、沿岸ではほぼ絶滅。

* [[ナガスクジラ]] ''{{snamei|Balaenoptera physalus''}} 【海】 夏に北上、オホーツク海や東シナ海に回遊。

* [[イワシクジラ]] ''{{snamei|Balaenoptera borealis''}} 【海】 夏に三陸沿岸・北海道太平洋海域に出現。

* [[ニタリクジラ]] ''{{snamei|Balaenoptera brydei''}} 【海】 太平洋側・東シナ海に回遊、五島列島から鹿児島県笠沙町沖、高知県大方町沿岸で4-10月に見られる。現・カツオクジラが種として分離されるまで、「カツオクジラ」は本種の別称だった。

* [[カツオクジラ]] ''{{snamei|Balaenoptera edeni''}} 【海】かつてはニタリクジラと同種とされた。

* [[ミンククジラ]]（ナミミンククジラ、コイワシクジラ） ''{{snamei|Balaenoptera acutorostrata''}} 【海】 春から初夏に三陸、夏に北海道沖やオホーツク海、日本海側では1年中。

* [[ツノシマクジラ]] ''{{snamei|Balaenoptera omurai''}} 【海】 [[1998年]]に山口県角島で死体が発見され、[[2002年]]に新種として発表。

* [[ザトウクジラ]] ''{{snamei|Megaptera novaeangliae''}} 【海】 小笠原諸島と南西諸島で繁殖、ベーリング海とカムチャツカ沖の餌場に回遊。

; セミクジラ科 [[:en:Balaenidae{{sname||Balaenidae]]}}

* [[ホッキョククジラ]] ''{{snamei|Balaena mysticetus''}} 【海】 北極圏周辺に生息、国内ではオホーツク海からの放浪個体が大阪湾に迷入した1例のみ。北海道などで化石は出土している。オホーツク海の個体群は絶滅危惧であり、数百頭程度。

* [[セミクジラ]] ''{{snamei|Balaena japonica''}} 【海】 絶滅危惧であり、発見は極めて稀。夏から秋にオホーツク海及び[[知床半島]]をはじめとする北海道周辺や[[三陸沖]]、冬から春にかけて[[伊豆半島]]周辺から[[伊豆諸島]]・[[小笠原諸島]]、熊野灘や[[奄美諸島]]などで見られることがある。北太平洋での全生息数は200頭以上だが、詳しい事は不明。

; コククジラ科 [[:en:Eschrichtidae{{sname||Eschrichtidae]]}}

* [[コククジラ]] ''{{snamei|Eschrichtius robustus''}} 【海】 沿岸部を南北に回遊、日本では春と秋に太平洋沿岸を通過するが、日本海側でも確認されている。東アジア沿岸の個体数の総数は130頭前後。

; マッコウクジラ科 {{sname|Physeteridae}}

* [[マッコウクジラ]] ''{{snamei|Physeter marcrocephalus''}} 【海】 三陸・熊野沖など[[大陸斜面]]のある深い海域に多い。日本近海に産する大型鯨類では最も豊富。

; [[コマッコウ科]] {{sname|Kogiidae}}

* [[コマッコウ]] ''{{snamei|Kogia breviceps''}} 【海】 宮城・石川県以南で漂着・観察例。

* [[オガワコマッコウ]] ''{{snamei|Kogia sima''}} 【海】 座礁例あり。日本では、熊野灘で比較的よく目撃される。

; [[アカボウクジラ科]] [[:en:Ziphiidae{{sname||Ziphiidae]]}}

* [[アカボウクジラ]] ''{{snamei|Ziphius carvirostris''}} 【海】

* [[タイヘイヨウアカボウモドキ]] ''{{snamei|Indopacetus pacificus''}} 【海】 2002年鹿児島県で座礁、世界初の全身確認例。

* [[オウギハクジラ]] ''{{snamei|Mesoplodon stejnegeri''}} 【海】 日本海側での座礁例が多い。しばしば胃内にビニール等が発見され、座礁数増加との関係が考えられる。

* [[ハッブスオウギハクジラ]] ''{{snamei|Mesoplodon carlhubbsi''}} 【海】 太平洋側で数例の座礁記録。

* [[コブハクジラ]] ''{{snamei|Mesoplodon densirostris''}} 【海】 国内では、沖縄以外ではまれ。

* [[イチョウハクジラ]] ''{{snamei|Mesoplodon ginkgodens''}} 【海】 数例の座礁記録以外に情報がない。

* [[ツチクジラ]] ''{{snamei|Berardius bairdii''}} 【海】 夏に房総から三陸沖の大陸棚斜面海域に生息。

; [[イッカク科]] [[:en:Monodontidae{{sname||Monodontidae]]}}

* [[シロイルカ]]（[[ベルーガ]]） ''{{snamei|Delphinapterus leucas''}} 【海】 北極海・オホーツク海周辺から、まれに近海に迷入。

* [[イッカク]] ''{{snamei|Monodon monoceros''}} 【海】 江戸時代に一度のみ、北極海周辺から、近海に迷入。

; [[マイルカ科]] [[:en:Delphinidae{{sname||Delphinidae]]}}

* [[シャチ]] ''{{snamei|Orcinus orca''}} 【海】 8-11月に北海道東岸やオホーツク海南部で、2-3月に紀伊半島沖でよく見られる。

* [[コビレゴンドウ]] ''{{snamei|Globicephala macrorhynchus''}} 【海】 太平洋側の外洋と沿岸部。

* [[ヒレナガゴンドウ]] ''{{snamei|Globicephala melas''}} 【海】12世紀ごろに日本近海（北半球）では{{絶滅|image=none}}：。他海洋では生存。

* [[オキゴンドウ]] ''{{snamei|Pseudorca crassidens''}} 【海】 沖縄・九州北部・和歌山の沖合いでよく見られる。

* [[ユメゴンドウ]] ''{{snamei|Feresa attenuata''}} 【海】 まれに沖縄から銚子沖で捕獲、座礁。[[1874年]]以来、[[1952年]]に80年ぶりに再発見。

* [[カズハゴンドウ]] ''{{snamei|Peponocephala electra''}} 【海】 沖縄でよく見られる。

* [[ハナゴンドウ]] ''{{snamei|Grampus griseus''}} 【海】 日本海や太平洋岸の沖合いでよく見られる。

* [[マイルカ]] ''{{snamei|Delphinus delphis''}} 【海】 北海道から九州の太平洋を回遊。

* [[ハセイルカ]] ''{{snamei|Delphinus capensis''}} 【海】 かつては、マイルカの亜種とされていた。西日本に多く、伊勢湾や土佐湾などには定住群が存在。

* [[スジイルカ]] ''{{snamei|Stenella coeruleoalba''}} 【海】 冬は紀伊半島以南、夏は北海道周辺まで、太平洋側に分布。過剰捕獲により、伊豆半島沖の個体群は壊滅。

* [[マダライルカ]] ''{{snamei|Stenella attenuata''}} 【海】 沖縄でよく見られる。スジイルカ同様、伊豆半島沖では壊滅状態。

* [[ハシナガイルカ]] ''{{snamei|Stenella longirostris''}} 【海】 小笠原海域に多い。

* [[ハンドウイルカ]]（バンドウイルカ） ''{{snamei|Tursiops truncatus''}} 【海】 冬は北九州以南の東シナ海、夏は北海道以南。

* [[ミナミハンドウイルカ]]（ミナミバンドウイルカ） ''{{snamei|Tursiops aduncus''}} 【海】かつては、同じ[[ハンドウイルカ属]]に属するハンドウイルカ（バンドウイルカ）の亜種とされることもあった。小笠原諸島や伊豆諸島において、ホエールウォッチングや、ドルフィンスイムの多くの場合はハンドウイルカではなく、このミナミハンドウイルカである。

* [[カマイルカ]] ''{{snamei|Lagenorhynchus obliquidens''}} 【海】 5月ごろに東北沖でよく見られる。

* [[セミイルカ]] ''{{snamei|Lissodelphis borealis''}} 【海】 春と秋に見られ、銚子以北の太平洋側では夏に見られることも。

* [[シワハイルカ]] ''{{snamei|Steno bredanensis''}} 【海】 三陸以南の太平洋、東シナ海に生息、夏には日本海にも。沖縄周辺に多い。

* [[サラワクイルカ]] ''{{snamei|Lagenodelphis hosei''}} 【海】 熱帯の外洋性、日本では漂着1例、捕獲2例。最新の1991年は和歌山県での群れの捕獲。小笠原ではさらに豊富。

; [[ネズミイルカ科]] [[:en:Phocoenidae{{sname||Phocoenidae]]}}

* [[ネズミイルカ]] ''{{snamei|Phocoena phocoena''}} 【海】 日本海北部、銚子以北の太平洋沿岸。

* [[イシイルカ]] ''{{snamei|Phocoenoides dalli''}} 【海】 外洋性。日本海や、三陸沖など太平洋側にも分布。

* [[スナメリ]]（スナメリクジラ） ''{{snamei|Neophocaena phocaenoides''}} 【海】 能登半島・牡鹿半島以南の沿岸。瀬戸内海、有明海、伊勢湾などでよく見られる。[[阿波島]]（広島県）のスナメリクジラ回遊海面は[[天然記念物]]。各海域で減少傾向にあり、九州・大村湾や東京湾および房総半島以外の関東近辺は絶滅危惧。

; ジュゴン科 [[:en:Dugongidae{{sname||Dugongidae]]}}

* [[ジュゴン]] ''{{snamei|Dugong dugon''}} 【海：島(南)/{{絶滅危惧IA類|image=none}}】 南西諸島の浅海に分布、環境省等の調査で現在の残存個体数は3頭程度だと思われ、極めて絶滅が心配されている。近年の通常分布は[[沖縄本島]]および[[古宇利島]]沿岸に限られているが、それ以外の島々での近年の確認例が存在する。目撃記録があるのは[[奄美大島]]、[[久高島]]、[[久米島]]、[[石垣島]]、[[西表島]]、[[新城島]]等である。

* [[{{cite book | editor1-first=Satoshi | editor1-last=Ohdachi, S.| D.]],editor1-link=大舘智志 [[Y.| editor2-first=Yasuyuki | editor2-last=Ishibashi]], [[M.| editor2-link=石橋靖幸 | editor3-first=Masahiro A.| editor3-last=Iwasa]], and| [[T.editor3-link=岩佐真宏 | editor4-first=Takashi | editor4-last=Saitoh]] eds.| editor4-link=斉藤隆 | title=The Wild Mammals of Japan. | publisher=[[松香堂書店|Shoukadoh,]] | at=Kyoto. | yeaar=2009. ISBN| ISBN=4879746266 }}