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リソソームが含有する加水分解酵素群は酸性条件下で効率良く働く性質を持っており、リソソーム内部の[[水素イオン指数]]は[[プロトンポンプ]]の働きによって pH5 程度と酸性に保たれている。このことによって、中性状態の他の細胞内区画ではリソソームが含む加水分解酵素は不活性となり、不必要な反応を防いでいる。
これらの酵素群は[[グリコシダーゼ]]、[[リパーゼ]]、[[ホスファターゼ]]、[[ヌクレアーゼ]]など様々な[[加水分解酵素]]からなる。これらは[[粗面小胞体]]で合成された後、[[マンノース]]が付加され、ゴルジ体のシスゴルジネットワークに輸送された後に、マンノースに[[リン酸]]基が付加される。その結果生じた[[マンノース-6-リン酸]]はリソソームに運ばれるシグナルとして膜[[受容体]]である[[マンノース-6-リン酸受容体]]に認識される。
マンノース-6-リン酸受容体は膜タンパク質であり、マンノース-6-リン酸を持つ分子を結合させこれを輸送小胞へ取り込むことによってリソソームへのタンパク質輸送を行っている。被覆小胞は一次リソソームと融合しその酸性環境下でレセプター結合蛋白質を乖離する。その後、レセプターは更なる分子輸送のためにトランスゴルジネットワークへと戻る。
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